结论：股东分红100万所需缴纳的税款，主要取决于股东的身份（自然人股东或法人股东）以及分红的具体情况。对于自然人股东，一般需缴纳20%的个人所得税；对于法人股东，则可能涉及企业所得税，但存在免税或减税的情况。至于合法降低税负的分配方案，可以通过合理利用税收政策、选择合适的分红方式以及进行税务筹划等方式来实现。

一、股东分红所需缴纳的税款

1. 自然人股东：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》第三条，利息、股息、红利所得适用比例税率，税率为百分之二十。因此，如果股东是自然人，且直接持有公司股份，那么分红100万通常需要缴纳20万元的个人所得税。

2. 法人股东：

   • 如果股东是法人（如公司、企业等），则分红所得可能涉及企业所得税。但根据《企业所得税法》及其实施条例，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益为免税收入。这意味着，如果法人股东和分红公司都是居民企业，且满足一定条件（如持股时间等），那么分红可能不需要缴纳企业所得税。
   • 如果不满足免税条件，法人股东需按照企业所得税法规定的税率（通常为25%）缴纳企业所得税。但需要注意的是，企业所得税的计算是基于应纳税所得额，而非直接基于分红金额，因此实际税负可能因企业的具体情况而有所不同。

二、合法降低税负的分配方案

1. 合理利用税收政策：

   • 深入了解并合理利用国家及地方的税收优惠政策，如针对特定行业、地区或企业的税收减免、抵扣等政策，以降低税负。

2. 选择合适的分红方式：

   • 对于自然人股东，可以考虑通过设立个人独资企业或合伙企业等方式间接持有公司股份，以利用这些企业形式的税收优惠政策。
   • 对于法人股东，可以通过调整股权结构、利用关联交易等方式，在符合税法规定的前提下，优化分红路径，降低税负。

3. 进行税务筹划：

   • 在合法合规的前提下，通过合理的税务筹划，如利用税收协定、选择有利的纳税地点或时间等方式，降低税负。但需要注意的是，税务筹划必须严格遵守税法规定，避免触犯法律红线。

三、具体计算与示例

• 自然人股东：

  • 分红金额：100万
  • 应纳税额：100万 * 20% = 20万

• 法人股东（免税情况）：

  • 假设法人股东和分红公司都是居民企业，且满足免税条件，则分红100万无需缴纳企业所得税。

• 法人股东（非免税情况）：

  • 分红金额：100万（假设为应纳税所得额）
  • 应纳税额：100万 * 25% = 25万（但实际税负可能因企业的具体情况而有所不同）

四、特别提醒

• 税务筹划必须在合法合规的前提下进行，避免触犯法律红线。
• 股东在分红前应充分了解税法规定，合理规划分红路径和方式，以降低税负。
• 如有任何疑问或需要进一步的税务筹划建议，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供个性化的法律服务。