首先，我们需要明确这100万元的性质。如果这100万元是父母双方的夫妻共同财产，那么在父亲去世后，首先要将其中一半，即50万元，分配给母亲，这是母亲作为夫妻共同财产共有人的权利。剩下的50万元，则作为父亲的遗产进行分配。
接下来，我们来看遗产的分配方式：
存在遗嘱的情况：如果父亲生前立有遗嘱，并且遗嘱是合法有效的，那么遗产的分配就应当按照遗嘱来执行。遗嘱中可以指定由谁来继承这50万元，以及每个人继承的份额。
不存在遗嘱的情况：如果父亲没有立遗嘱，或者遗嘱无效，那么遗产的分配就应当遵循法定继承的原则。在法定继承中，第一顺序继承人包括配偶、子女、父母。因此，这50万元应当由母亲、子女（如果有的话）以及父亲的父母（如果还在世的话）共同继承。通常情况下，同一顺序的继承人继承遗产的份额应当是均等的。
举个例子，如果父亲去世后，只剩下母亲和一个子女，且没有遗嘱，也没有其他第一顺序继承人，那么这50万元的遗产就应当由母亲和子女平均分配，每人分得25万元。
最后，需要注意的是，如果存在特殊情况，比如某个继承人生活困难且缺乏劳动能力，那么在分配遗产时应当给予适当的照顾，以确保遗产的分配既遵循了一般原则，又能根据实际情况进行灵活调整，保障各继承人的合理权益。
综上所述，父母各自有的100万元，在父亲去世后，如果这100万元是夫妻共同财产，那么首先要给母亲分配50万元，剩下的50万元作为父亲的遗产进行分配。具体分配方式取决于是否存在遗嘱以及遗嘱的内容；如果不存在遗嘱，则按照法定继承的原则进行分配。