当检察院提出对被告人量刑建议为有期徒刑三年并适用缓刑时，法院的判决过程会是一个综合考量多方面因素的独立判断过程。以下是对此问题的详细解答：

一、法院判决的独立性与参考依据

法院在判决时具有独立性和权威性，它不受检察院量刑建议的绝对约束。尽管检察院的量刑建议是重要的参考依据，特别是在案件事实清楚、证据确实充分且控辩双方无较大争议的情况下，法院通常会予以重视，但最终判决仍需由法院根据案件具体情况作出。

二、法院考量的主要因素

1. 案件事实和证据：法院会首先审查案件事实是否清楚，证据是否确实、充分，这是判决的基础。

2. 被告人的犯罪情节：包括犯罪的性质、手段、后果，以及是否有前科、是否属于累犯等，这些因素直接影响量刑的轻重。

3. 被告人的悔罪表现：如是否有自首、立功、积极赔偿并取得谅解等情节，这些体现了被告人的认罪态度和改造可能性，是法院考虑是否适用缓刑的重要因素。

4. 社会危害性：法院会评估被告人再犯罪的可能性以及对社会的潜在威胁，这是决定是否适用缓刑的又一关键因素。

5. 缓刑的适用条件：根据《中华人民共和国刑法》第七十二条，法院会严格审查被告人是否符合缓刑的法定条件，包括犯罪情节较轻、有悔罪表现、没有再犯罪的危险以及宣告缓刑对所居住社区没有重大不良影响等。

三、法院可能的判决结果及理由

1. 维持缓刑判决：

   • 当案件事实清楚、证据确实充分，且被告人符合缓刑的法定条件时，法院大概率会采纳检察院的量刑建议，作出三年有期徒刑适用缓刑的判决。
   • 如果检察院的量刑建议符合法律规定和量刑规范，且不存在明显不当的情形，法院也会尊重并参考该建议。

2. 调整量刑但仍适用缓刑：

   • 如果在审理过程中出现新证据或事实情节，影响量刑但整体仍符合缓刑条件，法院可能会适当调整刑期后再适用缓刑。
   • 法律适用的细微差异也可能导致量刑幅度变化，但只要被告人仍符合缓刑条件，法院也会作出适用缓刑的判决。

3. 不采纳建议不适用缓刑：

   • 如果被告人不符合缓刑的实质条件，如社区调查评估显示其平时表现恶劣、存在较高再犯罪风险等，法院会不采纳检察院的缓刑建议，直接判处实刑。
   • 如果检察院的量刑建议存在程序违法或明显不当的情况，法院也有权根据法律和事实进行判断，不采纳该建议而作出不适用缓刑的判决。

四、缓刑的考验期限与遵守规定

如果法院决定宣告缓刑，会根据《中华人民共和国刑法》第七十三条的规定，确定缓刑考验期限。对于有期徒刑的缓刑，考验期限为原判刑期以上五年以下，但不能少于一年。在缓刑考验期限内，被告人需要严格遵守一系列规定，如不得从事特定活动、不得进入特定区域等。如果违反这些规定，有可能会被撤销缓刑并执行原判刑罚。

综上所述，当检察院提出量刑建议为三年有期徒刑并适用缓刑时，法院会综合考量多方面因素作出独立判断。最终判决结果取决于案件事实、证据、被告人的犯罪情节、悔罪表现、社会危害性以及缓刑的适用条件等。因此，无法直接预测法院的具体判决结果，但可以明确的是，法院会确保判决的公正性和合理性。