关于您提出的“代理开票是否合法”的问题，这主要取决于交易的真实性和是否符合税务机关的相关规定。以下是我为您详细梳理的解答：
一、一般情况下的非法性
在未经税务机关许可或不存在明确代理关系的情况下，委托第三方代开发票通常是不合法的。根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，发票应由交易的实际收款方开具，购买商品、接受服务以及从事其他经营活动支付款项时，应向收款方取得发票，不得要求变更品名和金额。因此，如果未经许可就委托第三方代为开具发票，这种行为可能构成虚开发票，不仅扰乱了税收征管秩序，还可能导致国家税收流失，并破坏公平竞争的市场环境。
二、特殊情况下的合法性
然而，在特定情况下，委托第三方开票是合法合规的。这主要包括两种情况：
税务机关依法委托：根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，代开发票只能向经营地税务机关申请。在税务机关依法委托的情况下，第三方代开发票是合法的。此时，被委托的单位需要严格遵守相关的税收法律、行政法规等规定。
明确的代理关系：在某些有明确代理销售或服务关系的业务模式中，如果代理人基于被代理人的真实交易进行开票申报等操作，且开票方有合法的开票资格，发票内容如实反映交易情况，那么这种情况下委托第三方开票也是合法合规的。但此类委托必须严格遵循法律法规和税务规定，并保留完整、准确的交易凭证和记录。
三、法律责任
对于虚开发票的行为，税务机关将依法进行处罚。这包括没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以不同额度的罚款。如果虚开金额较大或情节严重，还可能触犯刑法，面临刑事责任的追究。
四、建议
为了确保发票的合法性和真实性，我建议您在大多数情况下由实际的销售方或服务提供方自行开具发票。如果确实需要委托第三方开票，务必确保该行为符合税务机关的规定，并避免任何形式的虚开或滥用发票行为。同时，您应保留完整的交易凭证和记录，以备税务机关查验。
综上所述，代理开票是否合法主要取决于交易的真实性和是否符合税务机关的规定。在未经许可的情况下，委托第三方代开发票是不合法的；但在特定情况下，如税务机关依法委托或存在明确的代理关系时，委托第三方开票是合法合规的。希望这个解答能够帮助您更好地理解代理开票的合法性问题。