关于公司按最低工资标准缴纳公积金是否合法的问题，这主要取决于员工的实际工资水平与当地规定的最低缴存基数之间的关系，以及公司是否遵循了相关法律法规。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《住房公积金管理条例》的相关规定，职工住房公积金的月缴存额应基于职工本人上一年度月平均工资与规定的缴存比例来确定。这意味着，公积金的缴纳应当与员工的实际工资水平紧密挂钩，而非简单地按照最低工资标准来执行。
二、合法情形
员工工资低于或等于最低缴存基数：如果员工的月工资收入低于或等于当地规定的住房公积金最低缴存基数，那么单位按照该最低标准为其缴存住房公积金是符合法律规定的。例如，若当地最低缴存基数为2000元，而某员工月工资为1800元，单位按2000元为基数缴纳即为合法。
特定地区特殊规定：部分地区可能存在特殊规定，即若职工工资低于当地上一年社会平均工资的60%，则可能按照该社会平均工资的60%作为缴费基数。在这种情况下，如果当地的最低工资标准达到或高于此下限要求，公司按最低工资缴纳公积金可能是合规的。但这种情况较为特殊，且需满足特定条件。
三、不合法情形
如果员工的实际工资高于当地规定的最低缴存基数，但单位却统一按最低标准缴纳公积金，这明显违反了《住房公积金管理条例》的规定。例如，员工上一年度月平均工资为8000元，而单位却按当地最低缴存基数2000元来缴纳，这种做法是不合法的。
四、对员工权益的影响
公积金账户积累减少：按照最低工资标准缴纳公积金会导致员工每月公积金账户的入账金额减少，长期累积下来，公积金账户的总额将明显低于按实际工资缴纳的情况。
贷款额度受限：公积金贷款额度往往与公积金账户余额、缴存基数等因素紧密相关。较低的缴存基数可能会降低员工在购房时可申请的公积金贷款额度，从而增加其购房的资金压力。
五、员工应对措施
与公司沟通：首先，员工可以尝试与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司按照最低工资标准缴纳公积金的具体原因，并要求公司按照规定以本人的实际工资为基数进行缴存。
向公积金管理中心投诉：如果与公司沟通无果，员工可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉。投诉时，应准备好相关证据材料，如劳动合同、工资条、银行工资流水等，以便证明自己的实际工资情况。住房公积金管理中心在接到投诉后，会进行调查核实，并根据实际情况责令公司限期整改。
法律途径维权：如果因为公司未足额缴纳公积金给员工造成了实际损失（如影响公积金贷款额度导致购房成本增加），员工还可以通过劳动仲裁或诉讼的方式要求公司赔偿损失。在此之前，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。
综上所述，公司按最低工资标准缴纳公积金在大多数情况下是不合法的。员工应了解自己的权益，并在发现公司存在违规行为时及时采取措施维护自己的合法权益。