经济补偿金是按照应发工资来计算的，而非实发工资。以下是对这一问题的详细解释：
一、法律定义与依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，经济补偿金是用人单位在解除或终止劳动合同时，依法应支付给劳动者的补偿。其计算基数通常是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而这里的“平均工资”指的是应发工资，即扣除个人所得税、社会保险等费用之前的工资总额。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：是劳动者在正常工作时间内应得的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等所有收入，未扣除个人所得税、社会保险等费用。
实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险等费用后的净额。
三、经济补偿金计算中的具体应用
在计算经济补偿金时，应使用应发工资作为基数。这是因为经济补偿金是对劳动者在用人单位工作期间所付出劳动的补偿，应当基于劳动者应得的全部工资来计算，而不是实际收到的工资。这样更能体现劳动者的实际贡献和用人单位的补偿责任。
四、特殊情况下的处理
如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准的：按照当地最低工资标准计算经济补偿金。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的：向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这是对高收入劳动者经济补偿金的限制，以平衡用人单位和劳动者的利益。
五、实际案例与操作建议
在实际操作中，用人单位在计算经济补偿金时，应当仔细核对劳动者的应发工资记录，确保计算基数的准确性。同时，劳动者也有权要求用人单位提供详细的工资计算清单，以维护自己的合法权益。如果双方对经济补偿金的计算存在争议，可以通过劳动争议调解仲裁机构或人民法院进行解决。
总结来说，经济补偿金是按照应发工资来计算的，这体现了对劳动者实际贡献的认可和补偿。在计算过程中，用人单位和劳动者都应当遵循相关法律法规的规定，确保计算结果的准确性和公正性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。