经济赔偿金（此处特指经济补偿金，因经济赔偿金通常指违法解除或终止劳动合同的赔偿金，为二倍经济补偿金，其计算基数与经济补偿金相同）的计算基数是应发工资，而非实发工资。以下是对这一问题的详细解答：

1. 应发工资与实发工资的区别：

   • 应发工资：指员工根据工作性质和合同约定应获得的工资总额，是员工劳动所得的完整报酬，涵盖基本工资、岗位工资、绩效工资、奖金、津贴等所有收入形式。
   • 实发工资：为员工实际到手的工资金额，它在应发工资的基础上扣除了个人所得税、社保公积金个人缴纳部分等费用，因此通常低于应发工资。

2. 经济补偿金的计算依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，经济补偿金的月工资应按照劳动者应得工资（即应发工资）计算，包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
   • 若劳动者在劳动合同解除或终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准，则经济补偿金的计算将按照当地最低工资标准进行。
   • 若劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数来计算平均工资。

3. 特殊情况处理：

   • 对于月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
   • 在某些情况下，如劳动合同有特别约定或地方性法规、政策有专门规定，加班工资可能不被纳入经济补偿金的计算基数，但这并非普遍情况，需结合具体合同和法规来判断。

4. 法律建议：

   • 劳动者在计算经济补偿金时，应确保以应发工资为基数，并考虑所有可能的货币性收入。
   • 若对经济补偿金的计算有疑问或争议，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。

综上所述，经济赔偿金（经济补偿金）的计算应以劳动者的应发工资为基数，这样做不仅符合法律法规的规定，也能更准确地体现劳动者的劳动报酬水平和用人单位的劳动力成本。在实际操作中，用人单位和劳动者都应明确这一点，以确保经济补偿金的正确计算和支付。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。