农转非后，有土地确权证的土地是否会被收回，需根据土地类型和具体情形来决定。以下是对此问题的详细分析：
一、家庭承包地的情况
全家迁入小城镇落户：
- 根据《农村土地承包法》的规定，承包期内，即使农户全家迁入小城镇落户，发包方也不能强制收回其承包地。农户可以选择继续承包、依法流转土地经营权，或者将承包地交回发包方。因此，在这种情况下，有土地确权证的土地不会被收回。
全家迁入设区的市，转为非农业户口：
- 若承包方全家迁入设区的市并转为非农业户口，则应当将承包的耕地和草地交回发包方。若承包方不交回，发包方有权收回承包的耕地和草地。但需要注意的是，对于承包的林地，在承包期内通常不收回。所以，在这种情况下，有土地确权证的耕地和草地可能会被收回，但林地则可能不会。
部分家庭成员农转非：
- 如果只是家庭中的部分成员农转非，而农户中仍有成员为农村集体经济组织成员，并继续履行承包合同义务，那么该农户的土地承包经营权不受影响。因此，有土地确权证的土地在这种情况下也不会被收回。
二、宅基地的情况
- 农业户口转为非农业户口后，农户对宅基地的使用权会受到影响。宅基地是农村集体经济组织为保障本集体成员居住需求而分配的土地，非本集体经济组织成员一般不能继续享有宅基地使用权。
- 但是，对于已合法取得的宅基地及房屋，遵循“地随房走”的原则。只要房屋存在，农户就可以继续使用宅基地，但不能翻建、扩建。房屋自然灭失后，村集体经济组织有权收回宅基地。所以，如果宅基地上有房屋，且房屋未灭失，那么有土地确权证的宅基地不会被收回；如果房屋已灭失，那么宅基地可能会被收回。
综合建议
- 农转非后土地及宅基地的处理方式可能因地区和政策差异而有所不同。因此，在面临此类情况时，建议您及时了解当地的法律法规和政策规定。
- 如果您对土地及宅基地的处理有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。