签协议时按手印按了两次，协议通常是有效的。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 法律效力：

   • 按手印作为签署协议的一种方式，与签字、盖章具有同等的法律效力。只要当事人具有相应的民事行为能力，且按手印是其真实意思表示，那么该行为就是有效的。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人在采用合同书形式订立合同时，可以选择签名、盖章或者按指印作为确认合同效力的手段。

2. 实际情况分析：

   • 在签署协议的过程中，按手印两次重叠的情况并不罕见。只要重叠的手印没有导致指纹特征变得模糊不清，难以辨认，那么协议仍然是有效的。
   • 如果重叠的手印使得指纹特征变得不清晰，或者引发了关于协议签署真实性的争议，那么可能需要借助其他证据来证明当事人的真实意愿以及签署行为的合法性。

3. 建议与注意事项：

   • 在签署重要协议时，建议当事人务必保证按手印清晰、完整，并与其他签署标识保持一致，以避免后续可能出现的纠纷。
   • 如果对协议的有效性存在疑问，或者协议内容涉及复杂的法律问题，建议咨询专业律师进行进一步审查和评估。

综上所述，签协议时按手印按了两次，只要满足相关条件，协议通常是有效的。但为了确保协议的有效性并避免潜在风险，建议在签署协议时务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。