签协议时按手印两次重叠，协议仍然是有效的。以下从不同角度为你详细分析：

法律对协议生效要件的规定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。这里明确指出了按指印是合同成立的一种有效方式，但并未对按指印的具体方式，如是否重叠等作出限制。

按手印两次重叠对协议效力的影响

1. 从形式要件看：按手印的主要目的是确认当事人的身份和表示对协议内容的认可。只要手印是当事人本人所按，且能够清晰辨认出是当事人的指纹，即使两次重叠，也不影响其作为身份确认和意思表示的功能。因为手印的重叠并不改变手印本身的真实性和唯一性，它仍然是当事人真实意愿的一种外在表现。
2. 从实质要件看：协议的生效除了满足形式要件外，还需要满足实质要件，即当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。只要这些实质要件得到满足，按手印的方式（包括两次重叠）并不会影响协议的效力。

特殊情况下的考虑

虽然按手印两次重叠通常不影响协议效力，但在某些特殊情况下，如果重叠导致手印无法清晰辨认，或者存在其他导致手印真实性存疑的情况（如手印被篡改、伪造等），那么可能会对协议的效力产生影响。不过，在这种情况下，需要提供充分的证据来证明手印的真实性存在问题，而不能仅仅因为手印重叠就否定协议的效力。

建议：在签订协议时，为了确保协议的效力和避免不必要的纠纷，最好按照规范的方式按手印，即确保手印清晰、完整，避免重叠或模糊不清。如果手印确实出现了重叠的情况，但双方对协议内容无异议，且其他生效要件均满足，那么协议仍然是有效的。如果因此产生纠纷，可以寻求法律途径解决，如有疑问，也可以直接向我咨询。