结论：房产证办完后，购房合同原件在正常情况下是会退还给购房者的，但也存在一些特殊情况可能导致合同原件暂时或长期无法退还。
详细分析：
正常情况下合同原件会退还：
- 登记备案与产权登记的依据：在办理房产证的过程中，房产管理部门会收取购房合同原件等资料，对房屋交易信息进行审核和登记备案。这是为了确保房屋交易的合法性、真实性，并保障购房者的合法权益。购房合同是证明房屋产权归属的重要依据，房产管理部门根据合同中的信息，将房屋产权准确登记到购房者名下。完成审核、备案以及产权登记信息确认无误后，合同原件通常会归还给购房者，作为其权益的凭证。
- 合同副本的分配：购房合同一般一式多份，购房者、开发商和房屋管理部门各留存一份。在办理房产证时，虽然房屋管理部门会收取原件进行审核，但审核完成后会归还，购房者手中仍应保留有合同副本或电子版，以备不时之需。
特殊情况下合同原件可能不会退还：
- 合同存在问题或纠纷：如果购房合同中存在不符合法律法规的条款，或合同条款模糊不清、存在歧义，可能引发争议。在这种情况下，相关部门可能会暂时扣留合同原件，待争议解决后再决定是否归还。
- 办理其他相关手续需要：合同原件有时可能被用于办理其他与房产相关的手续，如房产抵押、查封等。例如，因购房者涉及债务纠纷导致房屋被法院依法查封，合同原件可能会被留存作为处理房产事宜的依据，直到相关程序结束。
建议与措施：
- 咨询清楚办理流程和归还时间：在办理房产证前，提前向相关部门或机构了解具体的办理流程和合同原件的归还时间，做到心中有数。
- 保留收据或证明文件：提交合同原件时，妥善保留好任何收据或证明文件，如提交凭证、回执等，以便后续查询和催促。
- 及时联系查询和催促：如果在规定时间内仍未收到归还的合同原件，应及时联系相关机构或部门进行查询和催促，了解合同原件的具体去向和归还时间。
- 备份重要文件：在未来的交易中，尽量保留好所有重要的文件和资料，如购房合同、发票、房产证等，以防丢失或遗忘。同时，也可以考虑将重要文件进行扫描或拍照保存，以备电子版使用。
法律后果提示：
- 如果购房合同原件因特殊原因无法退还，且购房者需要合同原件进行某些特定操作（如出售、赠与、继承等），可以向相关部门申请调阅或复印。在此过程中，应遵守相关法律法规和程序要求，如提供身份证明、填写申请表等。
- 如果因合同原件无法退还而导致购房者权益受损，购房者可以依法向相关部门或机构提出申诉或投诉，要求其承担相应的法律责任。在必要时，也可以寻求法律途径解决纠纷，维护自己的合法权益。
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