结论：办理房产证时，合同原件是否归还取决于具体的地区规定和实际操作流程，但通常情况下，购房者应持有一份合同原件作为重要法律凭证，不过在某些情况下合同原件可能会被相关部门留存。
详细分析：
正常情况下合同原件的处理：
- 在大多数情况下，购房合同一式多份，购房者、开发商、房管局等各方都会留存一份。房管局在办理房产证时，通常只需收取合同的复印件存档，作为房屋交易的依据，而合同原件在完成审核和备案工作后，会归还给产权人，作为其权益的凭证。
- 购房合同是证明房屋产权归属的重要依据，房产管理部门根据合同中的信息，将房屋产权准确登记到购房者名下。房产证办理完毕，产权登记信息确认无误后，合同原件理应返还给权利人。
特殊情况下合同原件可能不归还：
- 合同存在问题或纠纷：如果购房合同中存在不符合法律法规的条款，或合同条款模糊不清、存在歧义，可能引发争议。在这种情况下，相关部门可能会暂时扣留合同原件，待争议解决后再决定是否归还。
- 办理其他相关手续需要：合同原件有时可能被用于办理其他与房产相关的手续，如房产抵押、查封等。例如，因购房者涉及债务纠纷导致房屋被法院依法查封，合同原件可能会被留存作为处理房产事宜的依据，直到相关程序结束。
- 地区或个别情况差异：在某些地区，由于工作流程或档案管理的特殊要求，房产管理部门可能会暂时收取购房合同原件，待房产证办理完成后再退还。对于二手房过户，特别是在进行资金监管等环节时，根据相关规定，部分合同原件可能会留存于监管机构。
购房者的应对措施：
- 咨询清楚办理流程和归还时间：在办理房产证前，购房者应提前向相关部门或机构了解具体的办理流程和合同原件的归还时间，以便做好相应的准备。
- 保留收据或证明文件：提交合同原件时，购房者应妥善保留好任何收据或证明文件，以便后续查询和催促。
- 及时联系查询和催促：如果在规定时间内仍未收到归还的合同原件，购房者应及时联系相关机构或部门进行查询和催促。
- 备份重要文件：购房者应尽量保留好所有重要的文件和资料，包括合同原件的复印件或电子版，以防丢失或遗忘。在未来的交易中，这些备份文件可能发挥重要作用。
建议：
- 购房者在办理房产证时，应提前了解当地的相关规定和要求，并妥善保管好自己的合同原件。如果合同原件丢失或损毁，可能需要提供其他证明材料或者重新签订合同来办理房产证，这将增加不必要的麻烦和时间成本。
- 如果购房者确实需要合同原件进行某些特定操作（如出售、赠与、继承等），可以向相关部门申请调阅或复印。在此过程中，应遵守相关法律法规和程序要求。
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