工程结算单三年了仍然可以起诉，但需注意诉讼时效及其中断、延长的规定，并准备充分证据以应对可能的诉讼时效抗辩。以下是对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
在我国，《民法典》明确规定了民事诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果债权人在三年内未向债务人主张权利，那么三年后，债务人可能获得诉讼时效抗辩权，可以在法庭上主张诉讼已过时效期间，从而拒绝履行债务。然而，这并不意味着债权人就完全失去了追讨工程款的权利。
二、诉讼时效的中断与延长
诉讼时效的中断：
- 债权人在三年内向债务人主张过权利：这包括通过书面催款函、短信、邮件等方式明确要求对方支付工程款。这些行为都能够证明债权人并未放弃自己的权利，从而使诉讼时效重新计算。
- 债务人同意履行义务：如债务人作出还款承诺或实际部分履行等，这也能够导致诉讼时效的中断。
- 债权人提起诉讼或者申请仲裁：这些法律行为同样能够中断诉讼时效，使得新的诉讼时效期间从相关程序终结时开始计算。
诉讼时效的延长：
- 如果债权人能提供证据证明自己确实不知道权利被侵害，或者因为其他客观原因不能行使权利，法院也可能根据申请延长诉讼时效。
三、工程结算单在诉讼中的作用
工程结算单在诉讼中具有关键证明作用。若工程结算单经双方当事人签字或盖章确认，且内容明确具体，能清晰反映工程结算的关键信息（如金额、项目等），则具有较强的证明力。然而，若对方对结算单的真实性、合法性、关联性提出异议，需进一步提供其他辅助证据来佐证，如施工合同、施工图纸、变更通知、签证单、往来函件、付款记录等，以形成完整的证据链。
四、起诉条件与注意事项
起诉条件：
- 有明确的被告：必须清晰知道被告的身份信息，包括姓名、性别、年龄、住址、联系方式等个人详细信息，或公司名称、注册地址及法定代表人等法人信息。
- 有具体的诉讼请求和事实、理由：诉讼请求应明确具体，如请求支付特定金额的工程款及逾期利息等；事实和理由部分需详尽描述工程背景、施工内容、结算过程及为何依据结算单主张权利。
- 属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：工程结算纠纷属民事经济纠纷，需向有管辖权的法院提起诉讼，通常包括被告住所地或合同履行地法院。
注意事项：
- 及时收集证据：包括合同、结算单、催款记录、对方的还款承诺等，以证明债权的存在和诉讼时效的中断情况。
- 做好应诉准备：特别是针对债务人可能提出的诉讼时效抗辩，要准备好相应的反驳证据和法律依据。
五、法律后果与建议
- 法律后果：如果诉讼时效届满且不存在中断、延长的情形，债权人可能会丧失胜诉权，即无法通过法律强制手段要求对方支付工程款。但即便如此，债权人依然有权向法院提起诉讼，法院会受理该案件。
- 建议：鉴于诉讼时效的重要性，建议债权人在发现债务人未按时支付工程款时，及时采取措施主张权利，如发送催款函、提起诉讼或申请仲裁等，以中断诉讼时效并保护自己的合法权益。
综上所述，虽然工程结算单已经三年，但债权人仍然有权利通过法律途径来追讨工程款。关键在于准备好充分的证据，并了解并应用好诉讼时效的相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。