贷款逾期还清后，法院的处理方式主要取决于案件所处的具体阶段以及是否已经进入执行程序，以下是详细分析：

1. 案件尚未进入执行程序
   若贷款逾期后银行或金融机构仅提起诉讼，但法院尚未作出判决或判决尚未生效时，借款人已主动还清全部欠款（包括本金、利息、罚息及诉讼费用等），此时原告（银行/金融机构）通常会向法院申请撤诉。法院经审查符合撤诉条件后，会裁定准予撤诉，案件就此终结，不会对借款人产生进一步的法律影响。

2. 案件已进入执行程序
   若法院已作出判决且判决已生效，案件进入强制执行阶段（即法院已立案执行），此时借款人还清欠款，需分两种情况处理：

   • 主动履行：借款人直接向法院执行账户或原告账户支付全部执行款项后，可向法院提交《结案申请书》及付款凭证，法院核实后会裁定“执行终结”，并解除对借款人财产的查封、冻结等强制措施（如银行账户、房产、车辆等）。
     
   • 法院扣划后履行：若法院已从借款人账户扣划部分款项，但借款人后续补足剩余欠款，同样需向法院提交结案申请，法院确认后终结执行程序。
     关键点：执行终结后，法院会出具《执行裁定书》并送达双方，借款人可凭此文书解除信用惩戒措施（如失信被执行人名单、限制高消费等）。

3. 特殊情形：已产生信用惩戒记录
   即使欠款还清，若借款人此前因逾期被列入失信被执行人名单或被限制高消费，需主动向法院申请解除信用惩戒措施。法院会在收到申请后3个工作日内删除失信信息，并屏蔽限制高消费记录（根据《最高人民法院关于公布失信被执行人名单信息的若干规定》第十条）。

建议行动步骤：

1. 保留还款凭证（银行转账记录、收据等）；
   
2. 联系法院执行局确认案件状态（是否已结案）；
   
3. 若案件已终结但信用惩戒未解除，及时提交书面申请；
   
4. 定期查询个人征信报告，确保逾期记录已更新为“已结清”。
   

如有其他细节需要进一步分析（如涉及担保人、抵押物处置等），可直接向我咨询。