可以申请信访督办，但需结合具体情形判断其有效性，且信访督办并非唯一或最优解决途径。以下从法律程序、信访督办适用性、替代性救济途径三个角度展开分析：

一、信访督办的法律基础与适用性

根据《信访条例》第14条，信访人对行政机关及其工作人员的职务行为反映情况、提出建议或投诉请求，可通过信访渠道处理。干部扣留合同的行为若涉及行政权力滥用（如利用职务便利非法占有合同、阻碍村民行使合同权利），则属于信访受理范围。但需注意：

1. 证据要求：需提供初步证据证明干部存在扣留行为（如证人证言、录音录像、书面催要记录等），否则信访部门可能以“证据不足”为由不予受理；
2. 督办效力：信访督办仅能推动相关部门调查处理，不直接产生法律效力。若干部行为构成违法（如侵占罪、滥用职权罪），仍需通过刑事报案或行政诉讼解决。

二、更优解决途径：民事诉讼或行政诉讼

1. 民事诉讼路径

   • 案由选择：若合同属于村民个人财产（如承包合同、买卖合同），干部扣留行为可能构成侵权责任纠纷（《民法典》第1165条）。村民可起诉要求返还合同原件，并主张因扣留导致的损失（如错过合同履行期限的违约赔偿）。
     
   • 关键证据：合同复印件（若存在）、催要记录、干部承认扣留的书面或录音证据。

2. 行政诉讼路径

   • 适用情形：若干部扣留合同系履行公务过程中违法（如以“审查”为由非法扣押），村民可起诉该行政行为违法（《行政诉讼法》第12条），要求法院确认扣留行为无效并责令返还。
     
   • 注意时效：行政诉讼需在知道扣留行为之日起6个月内提起，逾期将丧失诉权。

三、操作建议：分阶段推进救济

1. 第一步：正式催告
   通过律师函或书面催告书要求干部限期返还合同，明确告知其法律后果（如涉嫌侵占罪、滥用职权罪），为后续诉讼固定“拒不返还”的证据。

2. 第二步：同步启动信访与诉讼

   • 向乡镇政府或上级纪委提交信访材料，要求督办并追究干部纪律责任；
     
   • 向法院提起民事或行政诉讼（根据行为性质选择），通过司法程序强制返还合同。

3. 第三步：刑事报案（如构成犯罪）
   若干部扣留合同目的为非法占有（如篡改合同内容谋取私利），可向公安机关报案，指控其涉嫌侵占罪（《刑法》第270条）或滥用职权罪（《刑法》第397条）。

总结：信访督办可作为推动问题解决的辅助手段，但需优先通过诉讼或报案实现合同返还和责任追究。建议根据干部行为性质（公务行为/个人行为）、证据充分程度，选择最直接的救济途径。如有进一步证据或细节需要分析，可直接向我咨询。