结论：父亲可以跟儿子商量做亲子鉴定，但需尊重儿子的意愿并遵循合法程序。若鉴定结果显示非亲生，可能涉及法律和伦理层面的多重后果。以下从法律程序、伦理后果及实务建议三个角度展开分析：

一、法律程序层面：协商是前提，强制鉴定有风险

1. 协商自愿原则
   根据《民法典》第1073条，对亲子关系有异议的，成年子女、父母均可向法院提起诉讼请求确认或否认亲子关系。但法律未赋予单方强制鉴定的权利，必须以双方同意为前提。若儿子拒绝配合，父亲无法直接强制进行鉴定，需通过诉讼途径解决。

2. 诉讼中的鉴定程序
   若父亲起诉否认亲子关系，法院会要求双方提供证据（如血缘关系证明、生活习惯等）。若儿子仍拒绝鉴定，法院可能依据《最高人民法院关于适用〈民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第39条，推定父亲的主张成立（即认定非亲生），但需结合其他证据综合判断。

示例：若父亲仅凭怀疑起诉，无其他证据（如儿子出生时医院记录错误、他人自认等），法院可能因证据不足驳回请求；若父亲提供初步证据（如他人书面证言），儿子拒绝鉴定，则法院可能支持父亲主张。

二、伦理与法律后果层面：非亲生结果的双重影响

1. 赡养义务的免除
   若鉴定确认非亲生，根据《民法典》第1067条，父亲对儿子无法定抚养义务，反之儿子对父亲也无法定赡养义务。但需注意：若父亲实际抚养儿子多年，可主张返还抚养费（需以诉讼方式解决，且需证明支出具体金额）。

2. 继承权的丧失
   根据《民法典》第1127条，法定继承以血缘关系为前提。非亲生儿子原则上丧失对父亲遗产的继承权，但若父亲通过遗嘱指定儿子为继承人，则仍可继承。

3. 情感与伦理冲击
   亲子鉴定结果可能彻底破坏父子信任关系，甚至引发家庭矛盾。实务中建议优先通过沟通化解怀疑，避免因程序不当导致不可逆的伤害。

三、实务建议：谨慎处理，预防风险

1. 协商阶段的注意事项

   • 明确目的：父亲应与儿子坦诚沟通怀疑原因，避免指责性语言，强调“确认事实”而非“追究责任”。
     
   • 选择机构：若双方同意鉴定，需选择具有司法鉴定资质的机构，确保结果法律效力。
     
   • 保留证据：协商过程可录音或书面确认，避免后续纠纷。

2. 诉讼阶段的策略

   • 收集初步证据：如儿子出生时医院记录、他人证言、血缘关系异常线索等，提高法院支持概率。
     
   • 心理准备：诉讼可能激化矛盾，需评估家庭关系修复的可能性。

3. 结果应对方案

   • 若确认亲生：父亲需反思怀疑的合理性，修复父子关系。
     
   • 若确认非亲生：
     
     • 法律层面：可起诉要求返还抚养费（需提供支出凭证）；
       
     • 伦理层面：建议通过家庭会议或心理咨询处理情感问题。

总结：亲子鉴定是法律赋予的权利，但需以尊重和合法为前提。若您面临此类纠纷，建议先与我详细沟通家庭情况、证据状况，我会协助制定协商或诉讼方案，平衡法律权益与家庭伦理。