结论：父亲怀疑孩子不是亲生的，不可以瞒着老婆做亲子鉴定，因为这可能涉及侵犯配偶的知情权以及孩子的隐私权，且在法律上，非因法定事由（如涉及刑事案件等特定情形）私自进行亲子鉴定可能不被认可其证据效力。以下从多个角度进行分析：
法律角度
配偶的知情权：
- 在婚姻关系中，夫妻双方应相互忠诚、相互尊重。若父亲瞒着妻子进行亲子鉴定，可能被视为对妻子知情权的一种侵犯。妻子有权知道家庭中的重大事项，包括孩子的亲生身份问题。
孩子的隐私权：
- 孩子作为独立的个体，享有隐私权。亲子鉴定涉及孩子的生物信息，若未经孩子同意（尤其是当孩子具备一定民事行为能力时）或法定代理人（如父母在特定情况下需共同作为法定代理人）的同意，私自进行鉴定可能侵犯孩子的隐私权。
证据效力：
- 在法律程序中，证据的合法性、真实性和关联性是认定其效力的关键。瞒着妻子进行的亲子鉴定，若无法证明其合法性和真实性（如鉴定过程是否规范、样本是否真实等），可能不被法院采纳作为证据。
伦理角度
家庭关系：
- 瞒着妻子进行亲子鉴定可能严重破坏家庭关系，导致夫妻之间的信任危机。即使鉴定结果显示孩子是亲生的，这种行为也可能在妻子心中留下难以磨灭的阴影，影响夫妻关系的和谐。
孩子的心理影响：
- 若孩子得知自己被私下进行了亲子鉴定，可能会感到被怀疑、被不信任，从而对其心理造成负面影响。尤其是当孩子处于敏感时期（如青春期）时，这种影响可能更为显著。
建议做法
沟通协商：
- 若父亲对孩子的亲生身份存在疑虑，应首先与妻子进行坦诚的沟通，共同面对问题。通过协商，可以决定是否进行亲子鉴定以及如何进行。
共同决定：
- 若决定进行亲子鉴定，应由夫妻双方共同决定，并确保鉴定过程的合法性和规范性。可以选择具有合法资质的鉴定机构进行鉴定，并保留好相关证据和文件。
尊重孩子意愿：
- 若孩子已具备一定民事行为能力，应尊重其意愿，征得其同意后再进行鉴定。这有助于保护孩子的隐私权和心理健康。
寻求法律帮助：
- 若在亲子鉴定过程中遇到法律问题或纠纷，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询和法律服务，帮助解决相关问题。
总之，瞒着妻子进行亲子鉴定是不明智且可能违法的行为。在面对此类问题时，应保持冷静和理性，通过沟通协商和合法途径来解决问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。