在您靠边停车开车门时摩托车撞上来的情况下，三者险是否会赔偿，主要取决于事故责任认定以及保险合同的具体条款。以下是对此问题的详细分析：
一、事故责任认定
基本责任原则：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第九十一条，公安机关交通管理部门会根据交通事故当事人的行为对发生交通事故所起的作用以及过错的严重程度，确定当事人的责任。
- 在您靠边停车开车门时摩托车撞上来的事故中，如果摩托车因未保持安全距离、车速过快或未注意观察前方情况等原因导致碰撞，摩托车一般要承担主要或全部责任。
- 如果您存在违规停车（如未在指定停车区域停车）、未观察后方情况突然开车门等违法行为，且这些行为对事故发生起到了作用，那么您也可能需要承担一定责任。
特殊情形考虑：
- 如果摩托车存在诸如酒驾、无证驾驶等违法行为，也可能对责任划分产生影响。
- 如果事故现场存在其他特殊情况（如道路施工、视线受阻等），也可能影响责任认定。
二、三者险赔偿范围
三者险定义：
- 三者险（机动车第三者责任保险）是机动车保险的一种，当被保险人或其允许的驾驶人在使用保险车辆过程中发生意外事故，致使第三者遭受人身伤亡或财产直接损毁时，依法应当由被保险人承担的经济赔偿责任，保险公司负责赔偿。
赔偿条件：
- 在您的情况下，如果事故责任认定摩托车为主要或全部责任，且您的车辆投保了三者险，那么摩托车方的损失（在保险限额内）理论上应由摩托车的保险公司（如果摩托车有保险）或摩托车方自行承担。
- 如果事故责任认定您也需要承担一定责任，那么您车辆的三者险将按照责任比例赔偿摩托车方的损失。例如，如果您承担30%的责任，那么三者险将赔偿摩托车方损失的30%（在保险限额内）。
保险合同条款：
- 需要注意的是，保险合同中可能包含一些免责条款或特别约定，如酒驾、无证驾驶等违法行为导致的损失可能不在赔偿范围内。
- 因此，在申请三者险赔偿前，您应仔细阅读保险合同条款，了解赔偿范围和免责情形。
三、事故处理流程与建议
立即停车并保护现场：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十条，车辆驾驶人应当立即停车，保护现场；造成人身伤亡的，应当立即抢救受伤人员，并迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门。
报警与等待处理：
- 不即行撤离现场的，应当迅速报告执勤的交通警察或者公安机关交通管理部门。交警会根据现场勘查、调查和相关检验鉴定，及时制作事故认定书。
协商赔偿或诉讼：
- 根据责任认定，双方可以协商赔偿或通过调解、诉讼解决纠纷。若双方对事故责任无争议，且未造成人身伤亡，也可以即行撤离现场，恢复交通，自行协商处理损害赔偿事宜。
及时通知保险公司：
- 无论事故责任如何认定，您都应及时通知自己的保险公司进行理赔。保险公司会根据事故责任认定书和保险合同条款进行赔付。
总结与建议：
- 在您靠边停车开车门时摩托车撞上来的情况下，三者险是否会赔偿主要取决于事故责任认定和保险合同条款。
- 如果摩托车方承担主要或全部责任，且您的车辆投保了三者险，那么摩托车方的损失（在保险限额内）理论上应由摩托车的保险公司或摩托车方自行承担。
- 如果您也需要承担一定责任，那么三者险将按照责任比例赔偿摩托车方的损失。
- 建议您在事故发生后立即停车保护现场、报警并等待处理、及时通知保险公司进行理赔，并根据责任认定协商赔偿或通过法律途径解决纠纷。
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