商铺过账通过微信转账的合法性，需结合具体交易背景和法律关系来判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、合法情形
真实交易背景下的转账：
- 如果商铺过账是基于真实的商品或服务交易，且双方对交易内容、价格等均有明确约定，微信转账只是作为支付手段之一，那么这种转账行为是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同的规定，双方自愿、平等、公平、诚实信用地达成交易，并履行各自义务，即构成合法有效的合同关系。微信转账作为支付方式，不影响合同本身的合法性。
明确约定转账用途：
- 如果双方在转账前已明确约定转账的用途（如货款、租金等），且该用途不违反法律法规的强制性规定，那么微信转账也是合法的。
- 示例：商铺租赁中，租客通过微信向房东支付租金，双方已签订租赁合同并明确约定租金支付方式，这种转账行为就是合法的。
二、可能存在的风险及不合法情形
缺乏真实交易背景：
- 如果商铺过账没有真实的交易背景，而是为了逃避税收、洗钱或其他非法目的而进行的转账，那么这种行为就是违法的。
- 法律后果：根据《中华人民共和国刑法》中关于逃税、洗钱等罪名的规定，这种行为可能构成犯罪，需要承担刑事责任。
转账用途不明确或违法：
- 如果双方未明确约定转账用途，或者转账用途违反法律法规的强制性规定（如用于赌博、贩毒等非法活动），那么这种转账行为也是违法的。
- 示例：如果商铺过账实际上是为了支付赌博债务，那么这种转账行为就是违法的，且可能涉及赌博罪的共犯问题。
微信转账的证据效力问题：
- 虽然微信转账记录可以作为证据使用，但在某些情况下，其证据效力可能受到质疑。例如，如果转账记录被篡改或伪造，或者无法证明转账双方的身份和交易内容，那么这种证据可能无法被法院采信。
- 建议：为了保障自身权益，建议在微信转账时备注转账用途，并保留好相关的交易合同、聊天记录等证据。
三、法律建议
- 确保交易合法：在进行商铺过账时，务必确保交易背景真实、合法，避免涉及任何非法活动。
- 明确约定转账用途：在转账前，双方应明确约定转账的用途和金额，并保留好相关的证据材料。
- 谨慎选择支付方式：虽然微信转账方便快捷，但在涉及大额交易或重要交易时，建议考虑使用更正式、更安全的支付方式（如银行转账），并签订书面合同以明确双方权利义务。
总结来说，商铺过账通过微信转账的合法性取决于交易背景和法律关系。如果你在进行商铺过账时遇到任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。