结论：买的农村自建房子只签了合同未过户，现在被查封，法院是有可能会拍卖的。没有付款凭证会影响你对房屋所有权的主张，但并非绝对无法证明付款事实。
分析如下：
房屋查封与拍卖的法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当债务人（即房屋的原所有权人）不履行生效法律文书所确定的义务时，法院有权对其财产进行查封、扣押、冻结，并在必要时进行拍卖以清偿债务。
- 在你描述的情况下，如果房屋的原所有权人因债务问题被起诉，且法院作出了对其财产进行查封的裁定，那么该房屋就有可能被查封。一旦查封，如果债务人仍未履行义务，法院就有可能决定拍卖该房屋。
未过户对房屋所有权的影响：
- 房屋所有权的转移通常需要办理过户手续。在你只签订了购房合同但未办理过户的情况下，从法律上讲，房屋的所有权可能仍然属于原所有权人。
- 因此，如果房屋被查封，你作为购房者可能无法直接主张房屋的所有权，而需要先解决与原所有权人之间的合同纠纷，并证明你已经履行了付款义务。
没有付款凭证的影响：
- 付款凭证是证明你已经履行付款义务的重要证据。如果没有付款凭证，你在主张房屋所有权或要求原所有权人履行过户义务时可能会面临困难。
- 然而，没有付款凭证并不意味着你无法证明付款事实。你可以尝试通过其他方式证明，如银行转账记录、收据、证人证言等。如果这些证据能够形成完整的证据链，法院仍然有可能认定你已经履行了付款义务。
可能的法律后果与建议：
- 如果房屋被拍卖，你可能会面临经济损失。为了尽量减少损失，你可以考虑以下措施：
- 尽快与原所有权人协商：尝试与原所有权人达成和解协议，要求其履行过户义务或赔偿你的损失。
- 收集证据：积极收集能够证明你已经履行付款义务的证据，如银行转账记录、收据、证人证言等。
- 提起诉讼：如果协商无果，你可以向法院提起诉讼，要求确认房屋的所有权归属或要求原所有权人赔偿你的损失。在诉讼过程中，你需要充分展示你的证据，并说服法院支持你的主张。
- 关注拍卖程序：如果房屋确实被拍卖，你需要关注拍卖程序，确保你的权益不受侵害。例如，你可以向法院提出执行异议，要求停止拍卖或保留你的份额等。
特殊情况说明：
- 如果购房合同中明确约定了过户时间和违约责任，且原所有权人未按照约定履行过户义务，你可以依据合同约定要求原所有权人承担违约责任。
- 如果房屋属于小产权房或存在其他违法建设情况，可能会影响房屋的所有权归属和拍卖程序。在这种情况下，你需要咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
行动建议：
- 鉴于你目前的情况比较复杂，建议你尽快咨询专业律师（即我本人，杨榭律师，专注于婚姻家庭、合同纠纷领域），以便根据你的具体情况制定合适的法律策略。
- 在咨询律师时，请提供购房合同、付款凭证（如有）、与原所有权人的沟通记录等相关证据材料，以便律师更准确地评估你的情况并给出法律建议。