未打卡扣工资是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：

1. 如果公司规章制度合法且员工已知悉：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位有权依法制定规章制度，对员工进行管理。如果公司的规章制度中明确规定了未打卡的扣款标准，并且这一制度已经通过合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），且已向员工公示或告知，那么公司按照制度扣款，一般不视为违法。
   • 但需注意：扣款金额应当合理，不能超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果扣款过多或不合理，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 如果公司规章制度不合法或员工不知悉：

   • 如果公司没有制定明确的规章制度，或者规章制度未经合法程序制定，或者未向员工公示或告知，那么公司以未打卡为由扣款，就可能构成违法。
   • 在这种情况下，员工有权拒绝扣款，并可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣的工资。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果员工因不可抗力（如突发疾病、交通事故等）导致未能打卡，且能提供相应证明，那么公司不应因此扣款。
   • 如果公司因系统故障、设备损坏等原因导致员工无法打卡，且公司未能及时采取措施解决，那么公司也不应因此扣款。

法律建议：

• 对于员工而言，如果公司以未打卡为由扣款，首先应查看公司的规章制度，了解扣款的具体标准和程序。如果认为扣款不合理或违法，可以向公司提出异议，并保留好相关证据（如打卡记录、工资条、规章制度等），以便后续维权。
• 对于公司而言，应制定合法、合理的规章制度，并确保员工已知悉。在扣款前，应充分听取员工的解释和申辩，确保扣款的公正性和合理性。同时，公司也应加强打卡系统的维护和管理，避免因系统故障等原因导致员工无法打卡。

可能法律后果：

• 如果公司违法扣款，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发被扣的工资，并可能获得相应的经济补偿。
• 如果公司因违法扣款而引发劳动争议，还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失。

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