车主仍需赔付3万，可能是因为保险赔付存在限额或免赔范围，导致部分损失未被保险覆盖。具体来说，可能有以下几种情况：
保险条款中的免赔额或免赔率：
- 保险合同中可能规定了免赔额或免赔率，即保险公司不承担的部分损失。例如，如果保险合同中规定了10%的免赔率，且总损失为10万（实际赔付9万可能已扣除部分免赔或存在其他调整），那么车主可能需要承担剩余的10%即1万（此处仅为示例，实际比例需根据合同）。但若按您所述赔付9万后还需赔3万，则可能是免赔额较高或存在其他特殊条款。
- 建议：车主应仔细审查保险合同，特别是关于免赔额、免赔率以及除外责任的部分，以明确保险公司不承担赔付的具体情形。
保险赔付范围限制：
- 保险合同可能对赔付范围有明确限制，如仅赔付直接损失，不赔付间接损失（如停运损失、贬值损失等）。如果交通事故导致的损失中包含了间接损失，且这些损失不在保险赔付范围内，那么车主就需要自行承担这部分费用。
- 建议：车主应了解保险合同中关于赔付范围的具体规定，并在发生交通事故后，及时与保险公司沟通，明确哪些损失可以得到赔付，哪些需要自行承担。
保险金额不足或特定项目限额：
- 虽然车主购买了100万的保险，但保险合同中可能对某些特定项目（如医疗费、财产损失等）设定了单独的赔付限额。如果交通事故导致的损失中，某些项目的费用超过了这些限额，那么车主就需要自行承担超出部分。
- 另外，如果实际损失超过了保险金额（虽然本例中总损失未超，但需考虑是否所有损失均属保险范围），超出部分也需车主承担。不过，按您所述情况，更可能是特定项目限额或免赔导致。
- 建议：车主应仔细审查保险合同中的赔付限额条款，特别是针对可能产生高额费用的项目（如医疗费、车辆维修费等）。
未及时报案或提供必要资料：
- 如果车主在发生交通事故后未及时向保险公司报案，或者未提供必要的理赔资料，可能导致保险公司拒绝赔付或部分赔付。在这种情况下，车主可能需要自行承担因未及时报案或提供资料而导致的损失。
- 建议：车主在发生交通事故后，应立即向保险公司报案，并按照保险公司的要求提供必要的理赔资料，以确保能够顺利获得赔付。
总结与行动建议：
- 车主应首先仔细审查保险合同，特别是关于免赔额、免赔率、赔付范围以及赔付限额的部分。
- 如果对保险合同中的条款有疑问或不明确的地方，应及时向保险公司咨询或寻求专业法律帮助。
- 在处理交通事故时，车主应保留好所有相关证据和资料，以便在需要时向保险公司提供证明。
- 如果车主认为保险公司的赔付决定不合理或存在争议，可以通过法律途径维护自己的合法权益。
如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请随时向我咨询。