企业收到罚款已交付的结案通知书后，应当按照以下步骤妥善处理：

1. 确认结案通知书的合法性与有效性
   首先，企业需仔细核对结案通知书的内容，包括罚款金额、缴纳情况、案件编号、执法机关信息等，确保通知书由有权机关依法出具，且罚款已足额缴纳至指定账户。若发现通知书存在信息错误、程序违法或罚款金额争议，应及时向执法机关提出书面异议，并保留相关证据（如缴费凭证、沟通记录等）。

2. 归档保存相关文件
   结案通知书是行政处罚程序终结的法定证明文件，企业应将其与罚款缴纳凭证、行政处罚决定书、听证记录（如有）等材料一并归档，作为后续合规审查、审计或应对潜在纠纷的依据。建议建立专门的“行政处罚档案”，按时间顺序分类保存，并标注关键信息（如处罚事由、金额、结案时间等）。

3. 内部复盘与合规整改
   企业应组织相关部门（如法务、合规、业务部门）对处罚事由进行复盘，分析违规原因（如制度漏洞、操作失误、外部合作方问题等），并制定针对性整改措施。例如，若因环保违规被处罚，需完善排污监测流程；若因税务问题被罚，需加强财务合规培训。整改完成后，应形成书面报告并留存，以证明企业已履行合规义务。

4. 关注信用修复与公示期
   根据《市场监督管理行政处罚信息公示规定》，行政处罚信息一般公示期为3年（严重违法失信名单为5年）。企业可在满足条件后（如履行处罚义务、整改到位、无再次违法等），向作出处罚的机关申请提前停止公示，以减少对企业信誉的影响。申请时需提交结案通知书、整改证明等材料。

5. 防范后续法律风险
   若处罚涉及刑事犯罪（如重大环境污染事故罪、逃税罪等），即使已缴纳罚款并结案，仍可能面临刑事追责。企业应评估是否需主动向公安机关说明情况，或委托律师进行刑事合规审查。此外，若处罚导致第三方索赔（如消费者因产品质量问题起诉），企业需结合结案通知书内容，在诉讼中主张已承担行政责任，避免重复赔偿。

特殊情形提示：

• 若企业对处罚决定不服，可在收到结案通知书前依法申请行政复议或提起行政诉讼。但若已签署结案协议或缴纳罚款，通常视为对处罚的认可，复议或诉讼权利可能受限，需具体评估。
  
• 若结案通知书涉及“从轻、减轻处罚”或“不予处罚”等情形，企业可要求执法机关出具书面说明，作为未来应对类似检查的合规证明。
  

如有进一步疑问（如结案通知书内容争议、信用修复流程等），可直接向我咨询，我将结合具体案情提供详细指引。