针对您提出的“车子违章不是本人怎么处理，且违法开车人不在了”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、处理方式
若实际驾驶人已无法联系或不在了：
- 在这种情况下，车主可以代为处理违章。车主需携带本人身份证、车辆行驶证以及能证明实际驾驶人身份的相关材料（尽管实际驾驶人不在，但如能提供其驾驶证复印件、身份证复印件或之前的借车协议等，将有助于处理流程）。若无法提供实际驾驶人的具体信息，车主需向交管部门说明情况，并按照交管部门的指引进行处理。
处理流程：
- 现场违章：若违章是现场被交警查获的，且当时已记录了实际驾驶人的信息（尽管现在实际驾驶人不在），车主可携带相关证件到交警部门指定的地点，说明情况并接受处理。
- 非现场违章（如电子眼抓拍）：车主可通过线上渠道（如交警部门官方网站、手机APP如交管12123）或线下窗口，按照指引输入车辆信息，并尽可能提供实际驾驶人的相关信息（如驾驶证号等），以确认违章事实并缴纳罚款。若无法提供实际驾驶人信息，车主需向交管部门说明情况，并可能需要签署相关声明或承诺书。
二、注意事项
地区差异：
- 不同地区的交管部门在处理此类违章时可能存在差异。因此，在处理前，建议您先咨询当地交管部门，了解具体的处理流程和要求。
扣分处理：
- 违章行为涉及的扣分原则上应记在实际驾驶人的驾驶证上。但由于实际驾驶人不在，扣分可能会暂时悬置或根据当地规定处理。车主在代为处理时，应明确这一点，并咨询交管部门如何处理扣分问题。
证据保留：
- 车主应妥善保留与违章相关的所有证据，如借车协议、聊天记录、证人证言等。这些证据在后续处理中可能起到关键作用，有助于证明车主并非实际驾驶人，并避免不必要的法律责任。
法律责任：
- 车主在代为处理违章时，应确保所提供的信息真实有效，不得提供虚假信息或伪造证件。否则，车主可能会面临法律责任。
三、特殊情况下的建议
若车主对违章有异议：
- 如车主认为违章并非实际驾驶人所为，或存在其他特殊情况，可向交管部门提出异议，并提供相关证据支持自己的观点。
加强车辆管理：
- 此次事件也提醒车主应加强对车辆的管理和保管，确保车辆不被未经授权的人员使用。未来在借车时，应签订详细的借车协议，明确双方的责任和义务。
四、总结与行动建议
综上所述，当车子违章不是本人所为且违法开车人不在了时，车主可以代为处理违章，但需遵循当地交管部门的具体规定，并尽可能提供实际驾驶人的相关信息。在处理过程中，车主应确保信息的真实性和合法性，并妥善保留相关证据。同时，车主也应加强车辆管理，预防潜在的法律风险。建议您尽快与当地交管部门联系，了解具体的处理流程和要求，并按照指引进行处理。