发行公司债券并非只能由股东会决议，但通常需要股东会（或股东大会）的特别决议通过。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与决议类型
《公司法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，发行公司债券属于公司的重大决策事项。对于股份有限公司，应由股东大会作出决议；对于有限责任公司，则由股东会行使决议权。
- 决议类型上，虽然《公司法》未直接将发行公司债券列为特别决议事项，但基于其对公司财务状况和未来发展的重大影响，以及《公司法》中关于特别决议的开放性规定（如涉及公司重大变更或影响的事项），发行公司债券在实际操作中通常被视为需要特别决议通过的事项。特别决议必须经代表三分之二以上表决权的股东同意。
特别决议的适用情形：
- 特别决议通常适用于公司重大变更或影响的事项，如修改公司章程、增减注册资本、公司合并分立解散等。发行公司债券，尤其是大额或特殊类型的债券，可能对公司财务状况和股东权益产生重大影响，因此也被视为需要特别决议的事项。
二、实际操作中的考虑因素
公司章程的规定：
- 公司章程是公司内部的“宪法”，它规定了公司的基本运营规则和决策程序。如果公司章程明确规定发行公司债券需要经过特别决议，那么就必须遵守这一规定。
债券的性质和规模：
- 不同类型的债券（如普通债券、可转换债券等）和不同的发行规模可能对公司的影响程度不同。因此，在决定是否采用特别决议时，需要考虑这些因素。例如，大额或具有特殊条款的债券发行，可能更需要股东大会的特别授权。
法律法规的要求：
- 除了《公司法》外，还有其他法律法规可能对债券发行有特定要求。例如，证券监管机构可能要求公司在发行某些类型的债券前获得特定的批准或许可。这些要求也可能影响决议的类型和程序。
三、决策流程与权力分配
董事会的角色：
- 虽然股东大会（或股东会）负责最终批准债券发行，但发行方案的制订和初步审核通常由董事会承担。董事会需根据公司实际情况和市场条件，制订出合理的发行方案，并提交股东大会审议。
监管与审批：
- 无论是公开发行还是非公开发行公司债券，都需经过严格的审核批准程序。公开发行需报经国务院授权的部门或国务院证券监督管理机构核准；非公开发行也需在合格投资者范围内进行，并确保每次发行对象不超过二百人。这些监管措施旨在保护投资者的合法权益，维护市场的公平、公正和透明。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果公司未经股东大会（或股东会）特别决议通过而擅自发行债券，可能面临法律上的无效风险，甚至可能受到监管机构的处罚。此外，这种行为还可能损害公司及股东的利益，引发法律纠纷。
建议：
- 公司在决定发行债券前，应仔细审查公司章程和相关法律法规的规定，确保决议程序的合法性和合规性。
- 董事会应制订出合理的发行方案，并充分征求股东的意见和建议，以确保决议能够获得股东大会（或股东会）的特别决议通过。
- 公司还应密切关注监管机构的要求和审批程序，确保债券发行的顺利进行。
综上所述，发行公司债券并非只能由股东会决议，但通常需要股东会（或股东大会）的特别决议通过。公司在决定发行债券前，应仔细审查相关法律法规和公司章程的规定，确保决议程序的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。