预付款保函在符合特定条件时，应返还给承包人（或申请人）。具体分析如下：

一、预付款保函的基本性质与目的

预付款保函是由担保人（通常是银行）根据申请人的要求向受益人开立的书面保证承诺。其主要目的是保证预付款的专款专用，确保在申请人未能履约或全部履约时，担保人将返还预付款给受益人，从而保障受益人的权益。然而，当预付款已按照合同约定被完全扣清，且保函的有效期已届满时，保函的使命即告完成，此时应返还给承包人（或申请人）。

二、预付款保函的返还条件与流程

1. 返还条件：

   • 预付款已完全扣清：根据合同约定，预付款应在工程进度或货物交付等过程中逐步扣清。当发包人签认的进度付款证书说明预付款已完全扣清时，即满足了返还保函的首要条件。
   • 保函有效期届满：预付款保函通常设有有效期，该有效期应自预付款支付给承包人之日起至发包人签认的进度付款证书说明预付款已完全扣清之日止。在有效期届满后，保函即失去法律效力，应予以返还。

2. 返还流程：

   • 发包人确认：发包人需签认进度付款证书，明确说明预付款已完全扣清。
   • 通知担保人：发包人或承包人（或申请人）应及时通知担保人保函已失去法律效力，要求返还保函。
   • 担保人返还：担保人在收到通知并确认无误后，应将保函返还给承包人（或申请人）。

三、特殊情况下的处理

1. 保函遗失或损毁：

   • 如果保函在返还过程中遗失或损毁，承包人（或申请人）应及时通知担保人，并按照担保人的要求办理挂失、补办等手续。

2. 保函争议：

   • 如果在保函返还过程中发生争议，如发包人拒绝签认进度付款证书、担保人拒绝返还保函等，双方应首先通过协商解决。协商不成的，可以依据合同中的仲裁条款或诉讼条款，通过仲裁或诉讼方式解决争议。

四、法律建议

1. 明确合同条款：

   • 在签订合同时，双方应明确预付款保函的返还条件、流程以及争议解决方式等条款，以避免后续纠纷。

2. 及时沟通与确认：

   • 在预付款扣清和保函有效期届满后，双方应及时沟通并确认保函的返还事宜，确保保函能够按时、顺利地返还给承包人（或申请人）。

3. 保留相关证据：

   • 双方应保留好与预付款保函相关的所有证据，如进度付款证书、保函副本、通知函等，以便在发生争议时能够提供有力的证据支持。

如果您在预付款保函返还过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。