核心结论：在执行申请涉及两个公司，其中一家破产而另一家有可供执行财产的情况下，可按以下方式处理：

1. 及时与法院沟通，明确执行方案
   首先，应立即与负责执行的法院取得联系，向法院说明当前情况，即一家公司已进入破产程序，而另一家公司有可供执行的财产。根据《企业破产法》及相关司法解释，破产程序启动后，针对破产企业的执行程序应当中止，所有针对该企业的债权需通过破产程序统一受偿。因此，法院应将执行重点转向有财产的非破产公司。

2. 申请恢复或继续对非破产公司的执行
   由于另一家公司未进入破产程序且存在可供执行的财产，法院应继续对该公司的财产采取执行措施，如冻结银行账户、查封资产等，并将执行所得款项划扣至法院账户。此时，需确保执行申请中已明确将两家公司列为被执行人，若原申请仅针对破产公司，需及时向法院申请变更或追加被执行人。

3. 关注破产程序的进展，申报债权
   对于进入破产程序的公司，需在法院规定的债权申报期限内，向破产管理人申报债权。申报时需提供生效法律文书、执行依据等材料，以证明债权的合法性和金额。虽然破产程序的清偿率可能较低，但申报债权是参与分配的必要步骤，不可遗漏。

4. 协调执行与破产程序的受偿顺序
   若非破产公司的财产不足以清偿全部债务，而破产程序最终有财产分配，需注意执行程序与破产程序的受偿顺序。根据法律规定，破产程序中的债权受偿具有优先性，但执行程序中已取得的财产不受影响。因此，需与法院和管理人沟通，确保执行所得款项不被纳入破产财产范围。

5. 考虑追加担保或连带责任人
   若非破产公司的财产仍不足以清偿债务，可进一步调查是否存在其他担保人或连带责任人。例如，若原债务有保证人，可申请追加保证人为被执行人；若公司股东存在未履行出资义务等情形，可申请追加股东为被执行人。这有助于扩大执行范围，提高债权受偿的可能性。

总结：在处理此类案件时，需兼顾执行程序与破产程序的法律规定，及时与法院沟通，确保执行措施针对有财产的非破产公司，同时积极参与破产程序的债权申报。若现有财产仍不足以清偿债务，可进一步挖掘其他责任主体。如有疑问或需进一步协助，可直接向我咨询。