货物运输保险的赔付既依据保险条款，也依据特别约定，具体赔付方式需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 保险条款是赔付的基础依据
   保险条款是保险合同的核心组成部分，明确了保险责任范围、免责情形、赔付标准等基础规则。例如，条款中可能规定“因火灾、爆炸导致的货物损失属于保险责任”，或“因包装不当造成的损失属于免责范围”。这些条款具有普遍适用性，是处理赔付争议的基础依据。

2. 特别约定具有优先效力
   若保险合同中存在特别约定（如附加条款、批单、口头协议等），且该约定与保险条款不一致，根据《保险法》及相关司法解释，特别约定的效力优先于格式条款。例如：

   • 双方约定“即使货物因暴雨受损，保险公司仍需赔付”，此约定可突破条款中“暴雨属于免责范围”的通用规则；
     
   • 若特别约定“赔付比例提高至90%”，则优先于条款中“默认赔付比例80%”的规定。

3. 特别约定的形式与证明要求
   特别约定需满足法定形式要件（如书面、签字盖章等）才能生效。若仅为口头约定，需结合其他证据（如聊天记录、录音）证明其存在及内容。实践中，保险公司通常要求投保人签署书面批单或附加条款，以避免争议。

4. 赔付流程中的注意事项

   • 报案与材料提交：发生事故后，投保人需及时报案，并按保险公司要求提交索赔材料（如运输单据、损失证明、特别约定文件等）；
     
   • 定损与协商：保险公司会依据条款和特别约定核定损失金额，若双方对赔付金额有争议，可通过协商、调解或诉讼解决；
     
   • 免责条款的提示义务：保险公司需对免责条款履行明确说明义务，否则相关条款可能被认定为无效。

建议：若您涉及货物运输保险赔付争议，建议优先核对保险合同中的条款与特别约定内容，并保留相关证据（如合同、批单、沟通记录等）。如有疑问，可直接向我咨询具体法律问题。