公司与公司之间的借款，在遵守相关法律法规、确保借款合同依法订立、借款用途合法且不存在无效情形的前提下，是合法的。以下从多个角度为您详细分析：
一、合法性基础与条件
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第一条，民间借贷包括法人之间、非法人组织之间以及它们相互之间为生产、经营需要订立的民间借贷合同。因此，公司之间的借款属于民间借贷的范畴，受法律保护。
合法条件：
- 借款合同依法订立：借款合同必须体现双方真实意思，且无违反法律、行政法规强制性规定的情形。合同应明确约定借款种类、币种、用途、数额、利率、期限和还款方式等条款。
- 借款用途合法：借款应专用于公司的生产、经营活动，不得用于非法或违规目的。例如，不得将借款用于赌博、走私等违法活动。
- 不存在无效情形：借款合同需避免《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十三条所列举的无效情形，如套取金融机构贷款转贷、以向其他营利法人借贷或向本单位职工集资等方式取得的资金转贷等。
二、合法情况下的公司间借款
正常的企业间资金拆借：
- 情形描述：企业因生产经营需要，临时进行资金拆借。例如，A公司因采购原材料资金短缺，向B公司借款，并约定合理的借款期限和利息。
- 法律分析：此行为符合法律法规，属于合法的企业间资金拆借。只要借款合同依法订立，借款用途合法，且不存在无效情形，该借款行为即为合法。
集团公司内部的资金调配：
- 情形描述：集团公司为了优化资源配置，在集团内部子公司之间进行资金调配。例如，C子公司因项目投资需要资金，向D子公司借款。
- 法律分析：基于集团公司的内部管理和战略安排，只要符合相关法律法规和集团规定，且不损害其他股东或债权人利益，此行为合法有效。集团公司内部的资金调配通常被视为一种合理的资金运作方式。
三、违法情况下的公司间借款及法律后果
违反金融监管规定的借贷：
- 情形描述：企业未经金融监管部门批准，擅自从事经常性的贷款业务。例如，E公司以赚取利息差为主要目的，频繁向其他企业出借资金。
- 法律分析：此行为违反了《中华人民共和国银行业监督管理法》等相关法律法规，可能涉嫌非法经营等违法犯罪活动。借款合同可能被认定无效，且企业可能面临行政处罚或刑事责任。
损害股东或债权人利益：
- 情形描述：公司管理层未经股东会同意，擅自将公司资金借给关联企业，导致公司资金流失，损害了公司股东和债权人的利益。
- 法律分析：此行为违反了《中华人民共和国公司法》及相关法律法规的规定，可能引发法律纠纷。借款合同可能因违反公司章程或损害他人利益而被认定无效，且相关责任人可能承担赔偿责任。
四、税务处理与注意事项
税务处理：
- 依据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十六条，企业与其关联企业之间的业务往来应遵循独立交易原则。若借贷双方存在关联关系，税务机关有权核定其利息收入并缴纳相应的营业税和企业所得税。
注意事项：
- 利率约定：虽然法律法规未对公司间借贷利率作出明确限制，但应参照民间借贷的相关规定，避免过高利率可能引发的法律风险。过高的利率可能被认定为高利贷，从而受到法律制裁。
- 内部决策程序：公司对外借款需遵循《中华人民共和国公司法》及公司章程的规定，通常需由董事会或股东会、股东大会进行决议，以确保决策的合法性和合规性。
- 合同订立与保留凭证：应签订书面借款合同，明确关键条款，并妥善保管借款凭证和财务记录，以备税务审计或法律诉讼之需。
总结与建议：
公司与公司之间的借款在符合相关法律法规、借款合同有效且利率合理、税务处理合规以及内部决策程序合法的前提下是合法的。然而，在实际操作中，借贷双方应谨慎操作，确保所有环节的合规性，以避免潜在的法律风险。如果您在公司间借款方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。