付款方在对方非法经营的情况下，通常需要配合调查，但具体配合程度和方式需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律义务角度
   根据《刑事诉讼法》第五十条，任何单位和个人都有义务配合司法机关的调查工作，包括提供与案件相关的证据、信息或协助调查。若付款方掌握与非法经营行为直接相关的资金流向、交易记录等关键证据，司法机关可能依法要求其配合调查，例如提供银行流水、合同、沟通记录等材料。此时，付款方若拒绝配合，可能面临被强制传唤、罚款甚至拘留的风险。

2. 法律责任角度

   • 若付款方不知情：若付款方在交易中完全不知对方存在非法经营行为，且已尽到合理审查义务（如核对营业执照、经营资质等），一般无需承担法律责任。但需配合调查以证明自身无过错，例如提供交易时的审查记录、沟通记录等。
     
   • 若付款方知情或应知情：若付款方明知或应知对方从事非法经营（如交易价格明显异常、对方无合法资质等），仍参与交易或提供资金支持，可能被认定为共同违法或帮助行为，需承担相应法律责任（如行政处罚、刑事责任）。此时，配合调查可能成为减轻责任的关键情节。

3. 配合调查的注意事项

   • 保留证据：付款方应提前整理与交易相关的所有材料（如合同、付款凭证、沟通记录等），以备调查时提供。
     
   • 如实陈述：在接受询问时，付款方需如实说明交易背景、资金用途等，避免隐瞒或虚假陈述，否则可能涉嫌妨害作证或伪证罪。
     
   • 法律边界：若调查要求涉及商业秘密或个人隐私，付款方可依法要求司法机关保密或仅向必要人员披露。

建议：若你作为付款方被要求配合调查，首先确认调查机关的合法性（如是否持有正式法律文书），再根据自身情况提供材料或陈述。若对调查程序或自身义务有疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为你分析风险并提供应对方案。