开发商将商业公寓的雨水管安装在套内是否合法，需分情况讨论：

1. 若规划或设计文件明确雨水管位置在套内，且购房合同无相反约定：

   • 合法性分析：根据《民法典》第二百七十二条，业主对专有部分享有占有、使用、收益和处分的权利。若雨水管安装位置属于开发商规划或设计文件明确标注的套内区域，且购房合同中未对雨水管位置作出特殊约定，则开发商的行为通常不构成违法。因为此时雨水管作为建筑附属设施，其安装位置已纳入整体设计，业主在购房时即应知晓并接受。
   • 建议：业主可查阅购房合同及规划、设计文件，确认雨水管位置是否属于合同约定或设计范围内的套内区域。若确属此类情况，且雨水管安装未对业主正常使用造成实质性影响，业主一般需接受该现状。

2. 若规划或设计文件未明确雨水管位置在套内，或购房合同明确约定雨水管不得安装在套内：

   • 合法性分析：在此情况下，开发商将雨水管安装在套内可能构成违约或侵权。根据《民法典》第五百七十七条，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。若购房合同明确约定雨水管不得安装在套内，而开发商违反该约定，业主有权要求开发商承担违约责任。此外，若雨水管安装对业主的正常使用造成实质性影响（如占用空间、产生噪音等），开发商还可能构成对业主物权的侵害，业主可依据《民法典》第二百三十六条要求排除妨害。
   • 建议：业主应首先与开发商协商，要求开发商按照合同约定或规划、设计文件调整雨水管位置。若协商无果，业主可向当地住房和城乡建设部门投诉，或依据购房合同中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁，亦可直接向人民法院提起诉讼，要求开发商承担违约责任或排除妨害。

额外提醒：

• 在处理此类纠纷时，业主应注意保留相关证据，如购房合同、规划、设计文件、现场照片、视频等，以便在协商、投诉或诉讼过程中证明自己的主张。
• 若雨水管安装确实对业主的正常使用造成了实质性影响，业主在要求开发商承担责任的同时，也可考虑要求开发商给予一定的经济补偿，以弥补因雨水管安装带来的不便或损失。

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