立案撤诉后是否会有留底，主要取决于案件的性质、撤诉的具体原因以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：

一、刑事案件撤诉后的情况

1. 不构成犯罪的撤诉

   • 侦查阶段撤诉：在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。
   • 审查起诉阶段撤诉：检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，不过这种记录并不等同于犯罪案底。

2. 构成犯罪但特殊情况撤诉

   • 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤诉，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。

3. 存在特殊记录的情况

   • 即使案件撤诉没有犯罪记录，但在案件办理过程中，若发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响。

二、民事案件撤诉后的情况

• 民事案件立案后又撤诉，是当事人自行处分诉讼权利的行为，意味着诉讼程序终止，不存在“案底”。例如，合同纠纷中，原告与被告和解后撤诉，不会对当事人留下不良记录。

三、行政案件撤诉后的情况

• 若违法行为轻微并及时改正，未造成危害后果，行政机关决定不予行政处罚而撤诉的，一般不留案底。
• 若违法行为已认定并作出行政处罚决定，后续因某种原因撤销处罚决定的，相关记录仍可能存在，但这种记录不属于犯罪记录，对日常生活影响较小。

总结与建议

立案撤诉后是否会留底，需根据案件性质、撤诉原因及法律法规综合判断。对于刑事案件中的特定情形，撤诉后通常不会留案底；民事案件和行政案件撤诉后一般不会留下案底。但无论何种情况，都建议您在处理法律问题时保持谨慎，确保自己的行为合法合规。如果您对撤诉后的记录问题仍有疑虑或担忧，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。