法院处理合同双方当事人违法所得的核心原则是依法收缴或责令退赔，具体处理方式需结合违法所得的性质、合同效力及当事人过错程度综合判定。以下从不同角度展开分析：

1. 合同无效情形下的违法所得处理

根据《民法典》第157条，若合同因违反法律、行政法规的强制性规定（如赌博、走私等违法合同）被认定无效，法院将根据以下规则处理违法所得：

• 返还财产：若违法所得涉及可返还的财物（如货物、资金），法院会判决双方互相返还；若无法返还或无必要返还（如标的物已灭失），则折价补偿。
• 收缴或退赔：若违法所得属于非法利益（如行贿资金、非法经营利润），法院将依法收缴国库；若一方因合同无效遭受损失，可要求过错方赔偿（但赔偿范围以实际损失为限，不得包含违法所得）。

示例：甲乙签订走私合同，约定甲支付货款后乙交付走私货物。合同被认定无效后，法院会收缴乙的走私利润，并责令甲返还已支付的货款（若货物已被查扣，则无需返还）。

2. 合同有效但存在违法条款时的违法所得处理

若合同整体有效，但部分条款因违法（如高利贷利息、超额违约金）被认定无效，法院将：

• 否定违法条款效力：违法部分自始无效，但不影响合同其他部分的效力。
• 调整违法所得：对违法所得（如高息部分）进行折抵或返还。例如，在民间借贷纠纷中，法院会按照法定利率上限重新计算利息，超出部分返还借款人。

示例：甲乙签订借款合同，约定年利率36%（超出法定上限24%）。法院会认定超出的12%利息无效，并判决出借人返还借款人已支付的超额利息。

3. 当事人主观过错对处理结果的影响

法院在处理违法所得时，会综合考量双方过错程度：

• 故意违法：若一方明知合同违法仍参与（如职业放贷人），法院可能对其违法所得予以收缴，并加重其赔偿责任。
• 过失违法：若一方因疏忽导致违法（如未审查合同合法性），法院可能酌情减轻其责任，但仍会收缴违法所得。

示例：甲作为公司高管，与乙签订虚假合同套取公司资金。法院会认定甲主观故意明显，收缴其违法所得并追究刑事责任；乙若不知情，可能仅需返还所得，无需承担刑事责任。

4. 刑事与民事交叉案件中的处理规则

若合同违法行为同时构成犯罪（如合同诈骗、非法经营），法院会：

• 刑事优先原则：先由刑事程序追缴违法所得（如赃款、赃物），剩余部分再通过民事程序处理。
• 民事赔偿补充：若刑事追缴不足以弥补受害人损失，受害人可另行提起民事诉讼要求赔偿。

示例：甲以虚假合同骗取乙货款，构成合同诈骗罪。法院在刑事判决中会追缴甲的违法所得返还乙；若追缴不足，乙可另诉要求甲赔偿剩余损失。

总结建议

1. 合同签订前：务必审查合同内容是否合法，避免参与违法交易。
2. 争议发生时：及时固定证据（如合同、转账记录），明确违法所得性质及双方过错。
3. 诉讼策略：根据合同效力、违法性质及过错程度，选择主张返还、赔偿或申请收缴。

若涉及具体案件，建议提供合同文本、交易背景等细节，以便进一步分析。