在借款协议上，公章和合同章均具有法律效力，但具体使用哪种章，需根据公司的内部规定和实际操作习惯来确定，两者在法律上并无绝对的优劣之分。以下是对这一问题的详细分析：

1. 公章的法律效力：

   • 公章是公司权力的象征，代表了公司的正式意志。在借款协议上加盖公章，通常意味着公司对该协议内容的认可和承担相应责任。
   • 根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，公章的使用具有法律效力，能够证明协议的真实性和合法性。

2. 合同章的法律效力：

   • 合同章是专门用于签订合同的印章，它同样具有法律效力。在借款协议上加盖合同章，也表明公司对该协议的认可和承担责任。
   • 合同章的使用通常更侧重于合同类文件的签署，因此在一些公司中，合同章可能更常用于借款协议的签署。

3. 实际操作的考虑：

   • 在实际操作中，公司可能会根据内部规定或习惯来选择使用公章还是合同章。有些公司可能规定所有重要合同都必须加盖公章，而有些公司则可能更倾向于使用合同章。
   • 无论使用哪种章，重要的是确保印章的真实性和合法性，以及签署人的授权情况。如果印章是伪造的或签署人没有授权，那么协议可能无效。

4. 建议：

   • 为了确保借款协议的法律效力，建议公司在签署前明确内部规定，确定使用哪种章，并确保印章的真实性和合法性。
   • 同时，签署人应具有相应的授权，以确保协议的有效性。如果可能的话，可以在协议中明确约定使用哪种章，以避免后续争议。

总结来说，借款协议上加盖公章还是合同章，主要取决于公司的内部规定和实际操作习惯。两者在法律上均具有法律效力，但重要的是确保印章的真实性和合法性，以及签署人的授权情况。如果您在借款协议签署过程中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。