结论：总公司下两个相连的分公司能否一次清算完需视具体情况而定，且清算过程中涉及用工人问题需谨慎处理。以下从清算程序和用工处理两个角度详细分析：
一、关于两个分公司能否一次清算完
若分公司具有独立法人资格：
- 通常情况下，具有独立法人资格的分公司应独立进行清算。因为每个独立法人都有其独立的财产、债权债务关系，需要分别进行清算以保护债权人的利益。
- 但若两个分公司之间存在紧密的关联关系，且债权人同意，理论上可以通过协商或法律程序进行合并清算。不过，这在实际操作中较为复杂，需要满足一系列法律条件，并经过严格的法律程序。
若分公司不具有独立法人资格：
- 不具有独立法人资格的分公司，其民事责任由总公司承担。因此，在清算时，通常会将分公司纳入总公司的清算程序中一并处理。
- 在这种情况下，两个相连的分公司可以视为总公司的一部分，无需单独进行清算。
二、关于清算过程中用工人的处理
劳动合同的继续履行或终止：
- 在清算过程中，若分公司继续存在或被其他主体接收，且用工需求不变，则原劳动合同应继续履行。
- 若分公司因清算而终止存在，且用工需求减少或消失，则应根据《劳动合同法》的相关规定，与劳动者协商解除劳动合同或依法终止劳动合同，并支付相应的经济补偿。
经济补偿的支付：
- 根据《劳动合同法》的规定，因清算导致劳动合同终止的，用人单位应向劳动者支付经济补偿。经济补偿的标准按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 若分公司不具有独立法人资格，其经济补偿的支付责任由总公司承担。
劳动者权益的保护：
- 在清算过程中，应充分保护劳动者的合法权益。清算组应依法通知劳动者参加清算程序，并听取其意见和建议。
- 若劳动者对清算过程中的用工处理有异议，可以通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
建议：在实际操作中，建议总公司及分公司根据具体情况咨询专业法律人士，以确保清算程序的合法性和用工处理的合理性。若您有任何关于清算或用工方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。