结论：担保企业破产时，若主债务正在诉讼中，担保企业是可以确认债权的，但具体确认方式和程序需根据破产法的相关规定以及主债务诉讼的进展情况来确定。
分析说明：
破产程序中的债权确认：
- 根据《中华人民共和国企业破产法》的相关规定，当企业进入破产程序后，其债权人需要向管理人申报债权。管理人会对申报的债权进行审查，并编制债权表，提交债权人会议核查。
- 在这个过程中，如果担保企业作为债权人，其债权是基于对主债务人的担保而产生的，那么它有权向管理人申报债权，并提供相关证据材料，如担保合同、主债务合同等。
主债务正在诉讼中的影响：
- 如果主债务正在诉讼中，这意味着主债务的金额、性质等可能还存在争议或未确定。然而，这并不影响担保企业作为债权人向破产管理人申报债权。
- 担保企业可以在申报债权时，说明主债务正在诉讼中的情况，并提供相关诉讼材料作为证据。管理人会根据这些材料以及诉讼的进展情况，对担保企业的债权进行初步审查。
- 如果主债务诉讼最终确定了债务金额和性质，那么担保企业的债权也会相应得到确认或调整。
债权确认的具体程序：
- 担保企业需要按照破产管理人的要求，在规定的时间内申报债权，并提供完整的证据材料。
- 管理人会对申报的债权进行审查，并可能要求担保企业补充材料或进行进一步说明。
- 审查通过后，管理人会将债权列入债权表，并提交债权人会议核查。债权人会议对债权表有异议的，可以要求管理人进行复核或提起诉讼。
- 最终，经过法院裁定确认的债权，将成为破产财产分配的依据。
特殊场景：
- 如果担保企业在破产程序中的债权确认过程中遇到特殊情况，如主债务诉讼长时间未结、债权存在争议等，可能需要通过法律途径来解决。例如，担保企业可以向法院提起诉讼，要求确认其债权的金额和性质；或者参与主债务诉讼，作为第三人提出自己的主张和证据。
行动建议：
- 担保企业应积极与破产管理人沟通，了解债权申报和确认的具体程序和要求。
- 担保企业应准备完整的证据材料，以支持其债权的申报和确认。
- 如果遇到特殊情况或争议，担保企业应及时寻求法律帮助，通过法律途径来维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。