文件在盖了真公章但单位否认提交的情况下，其效力并非绝对有效或无效，而是需要结合具体情况进行综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、公章的法律效力
公章是单位对外表示意思的重要工具，具有法律效力。在合同等法律文件中加盖公章，通常被视为单位对该文件内容的认可和承诺。因此，如果文件上确实盖有单位的真公章，这在一定程度上增强了文件的证明力。
二、单位否认提交的情况
尽管文件上盖有真公章，但单位可能出于各种原因否认提交了该文件。这种情况下，需要进一步分析：
单位内部管理问题：
- 如果单位能够证明公章被盗用、滥用或存在管理漏洞，导致文件被非法加盖公章，那么单位可能主张文件无效。
- 在此情况下，需要调查公章的使用记录、保管情况等，以确定是否存在内部管理问题。
文件内容真实性：
- 即使文件上盖有真公章，如果文件内容本身存在虚假、误导或违法情况，单位也可能主张文件无效。
- 需要审查文件内容是否真实、合法，以及是否符合单位的意思表示。
第三方善意取得：
- 如果文件已经涉及第三方，且第三方在不知情的情况下基于对公章的信任而接受了文件，那么可能构成善意取得。
- 在此情况下，即使单位否认提交文件，也可能难以完全否定文件的效力，特别是当第三方已经基于文件内容采取了相应行动时。
三、法律建议
收集证据：
- 如果您认为文件有效，应收集所有可能的证据来证明文件确实是由单位提交的，如文件传递记录、证人证言等。
- 如果单位否认提交文件，您也应要求单位提供相反证据，如公章使用记录、内部审批流程等。
法律程序：
- 如果双方无法就文件效力达成一致，可以考虑通过法律程序解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
- 在法律程序中，法院或仲裁机构将综合审查双方提供的证据，并根据法律规定和案件事实作出裁决。
预防措施：
- 为避免类似争议的发生，建议单位加强公章管理，建立严格的公章使用审批和登记制度。
- 在签署重要文件时，可以要求双方代表签字并加盖公章，以增加文件的证明力和可信度。
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