针对您提出的“事业单位顶撞领导被罚款是否违法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、明确结论
在大多数情况下，事业单位因员工顶撞领导而对其进行罚款是违法的。事业单位并非行政机关，没有法律授权其对员工进行罚款。
二、法律依据与深入解释
劳动合同法视角：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，事业单位在制定涉及员工切身利益的规章制度时，必须经过职工代表大会或全体职工的讨论，并与工会或职工代表进行平等协商确定。
- 若事业单位未经法定程序制定罚款规定，并随意以顶撞领导为由对员工进行罚款，这构成违法克扣工资的行为。
行政处罚法与劳动法视角：
- 依据《中华人民共和国行政处罚法》和《中华人民共和国劳动法》，罚款作为经济处罚，只能由行政机关或法律法规明确授权的组织在法定职权范围内实施。
- 事业单位并非行政机关，也未获得相关法律授权，因此无权对员工进行罚款。
工资支付规定视角：
- 根据《工资支付暂行规定》，事业单位不得克扣员工工资，除非符合法律规定的特定情形，如代扣个人所得税、社会保险费用等。
- 顶撞领导并不属于这些可合法扣除工资的特定情形。
三、特殊情况下的合法性考量
- 尽管存在上述法律规定，但如果事业单位的规章制度经过民主程序制定、内容合理合法，并且已向员工公示告知，同时规章制度中明确规定了顶撞领导的相应处罚措施（包括罚款），那么在这种情况下，罚款可能具有一定的合法性。但即便如此，罚款金额也必须在合理范围内，且不能违反法律的强制性规定。不过，这种合法性在司法实践中仍存在较大争议。
四、事业单位应如何妥善处理顶撞领导行为
- 事业单位应通过合法、合理的方式来处理员工顶撞领导的行为，如进行批评教育、调整工作岗位、给予警告或其他非经济性的处罚措施。
- 在制定规章制度时，事业单位应确保其内容合法、合理，并充分考虑到员工的权益，避免包含违反法律法规的条款。
五、员工权益保护途径
- 如果员工认为事业单位的罚款行为不合理或违法，可以依法维护自己的权益。具体途径包括：
- 与事业单位协商解决，要求其返还被克扣的工资。
- 向劳动保障行政部门投诉，寻求行政部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
综上所述，事业单位因员工顶撞领导而对其进行罚款在大多数情况下是违法的。事业单位应遵守法律法规，通过合法、合理的方式来处理员工与领导之间的冲突和问题。同时，员工也应了解自己的权益，并在必要时依法维权。