结论前置：在担保合同中，如果只有担保合同本身约定了管辖条款，且该约定符合法律规定，那么该约定通常是有效的。不过，其有效性还可能受到主合同管辖约定、法律规定以及具体案件情况的影响。以下是对此问题的详细分析：

一、担保合同管辖约定的基本原则

1. 意思自治原则：在民事法律关系中，当事人有权根据法律规定，自由约定争议解决的方式和地点。因此，在担保合同中，双方可以约定管辖法院，这是意思自治原则的体现。

2. 合法性原则：虽然当事人有权约定管辖，但这种约定必须符合法律规定。例如，约定的管辖法院必须与争议有实际联系，且不得违反级别管辖和专属管辖的规定。

二、担保合同管辖约定的有效性条件

1. 与主合同管辖约定的关系：

   • 如果主合同（如借款合同）和担保合同都约定了管辖法院，且两者一致，那么通常按照该约定确定管辖。
   • 如果主合同和担保合同约定的管辖法院不一致，根据相关法律规定，一般应以主合同约定的管辖法院为准，但担保合同另有约定且不违反法律规定的除外。不过，这一原则可能因具体法律条文和司法实践的不同而有所差异。

2. 符合法律规定：

   • 约定的管辖法院必须与争议有实际联系，如被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地等。
   • 不得违反级别管辖和专属管辖的规定。例如，不能约定由基层法院管辖应由中级法院管辖的案件。

3. 不损害第三方利益：

   • 担保合同的管辖约定不应损害其他债权人的利益。如果担保合同的管辖约定导致其他债权人的权益受到损害，该约定可能被认定为无效。

三、具体案例分析

假设在一个借款合同中，主合同未约定管辖法院，但担保合同中约定了由担保人所在地的法院管辖。在这种情况下，如果担保合同的管辖约定符合上述有效性条件，那么该约定通常是有效的。因为担保合同作为从合同，其管辖约定可以独立于主合同存在，只要不违反法律规定和损害第三方利益。

四、法律建议

1. 明确约定管辖：在签订担保合同时，建议双方明确约定管辖法院，以避免未来可能出现的管辖争议。

2. 审查约定合法性：在约定管辖法院时，应确保该约定符合法律规定，不违反级别管辖和专属管辖的规定，且与争议有实际联系。

3. 考虑主合同约定：如果主合同已经约定了管辖法院，担保合同在约定管辖时应考虑与主合同的一致性，以避免不必要的法律纠纷。

4. 咨询专业律师：在涉及复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见。不过，既然你已经在向我咨询，我会尽我所能为你提供全面、准确的法律解答。

总结：担保合同中只有担保合同本身约定了管辖条款时，该约定的有效性取决于其是否符合法律规定、是否与主合同约定一致（如主合同有约定）以及是否损害第三方利益。在签订担保合同时，建议双方明确约定管辖法院，并审查约定的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。