病历丢失超过三年是否会被处罚，需根据具体情况判断，但通常情况下，若医疗机构未尽到妥善保管病历的义务，即使超过三年，仍可能面临行政处罚或民事责任。以下从不同角度详细分析：
一、行政处罚角度
法律依据：
- 根据《医疗纠纷预防和处理条例》第四十七条，医疗机构及其医务人员未按规定妥善保管病历资料，导致病历资料丢失的，由县级以上人民政府卫生主管部门责令改正，给予警告，并对负有责任的医务人员和医疗机构管理人员给予行政处分；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予或者责令给予降低岗位等级或者撤职的处分，对有关医务人员可以责令暂停1个月以上6个月以下执业活动；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
处罚时效：
- 行政处罚的时效通常为两年，但根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。病历丢失若被视为医疗机构持续未履行保管义务的状态，则可能不受两年时效限制。
- 实践中，若医疗机构长期未履行病历保管义务，即使超过两年，卫生主管部门仍可能根据具体情况进行处罚。
具体情形：
- 若病历丢失是由于医疗机构管理不善、故意销毁或未采取必要措施导致，且该行为持续存在或影响患者权益，则医疗机构可能面临处罚。
- 若病历丢失是由于不可抗力（如自然灾害）或患者自身原因导致，且医疗机构已尽到合理保管义务，则可能不承担行政责任。
二、民事责任角度
法律依据：
- 根据《民法典》第一千二百二十二条，患者在诊疗活动中受到损害，医疗机构遗失、伪造、篡改或者违法销毁病历资料的，推定医疗机构有过错。
- 若病历丢失导致患者无法证明医疗机构存在过错或无法获得应有赔偿，医疗机构可能需承担相应的民事赔偿责任。
责任范围：
- 民事赔偿责任的范围取决于病历丢失对患者权益的具体影响。例如，若病历丢失导致患者无法获得医疗事故鉴定或无法证明医疗机构存在过错，医疗机构可能需赔偿患者因此遭受的损失。
诉讼时效：
- 民事诉讼的时效通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若病历丢失导致患者权益受损，患者应在三年内提起诉讼。
- 但若病历丢失持续存在或影响患者权益，且患者在此期间内持续主张权利，则诉讼时效可能中断或重新计算。
三、综合建议
医疗机构：
- 应建立健全病历管理制度，确保病历的完整性和安全性。
- 若发生病历丢失情况，应立即采取补救措施，如通知患者、记录丢失情况、尝试恢复病历等，并主动向卫生主管部门报告。
患者：
- 若发现病历丢失且怀疑医疗机构存在过错，应及时向医疗机构提出异议并要求解释。
- 若医疗机构未给予合理答复或患者认为权益受损，可向卫生主管部门投诉或提起民事诉讼。
如有具体病历丢失情况或法律疑问，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细法律建议。