结论：高架桥占农用地，仅占用中间部分而两边留存部分不赔偿，这一做法通常是不合理的。 以下从多个角度进行分析：
土地征收的补偿原则：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，国家征收土地应当给予公平、合理的补偿，确保被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。补偿应包括土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。
- 若高架桥建设仅占用了农用地的中间部分，但两边留存部分因施工影响（如噪音、粉尘、通行不便等）导致实际使用价值降低，那么这部分损失也应当纳入补偿范围。
补偿范围的确定：
- 补偿范围不仅限于直接被占用的土地，还应考虑因征收行为导致的间接损失。例如，若两边留存土地因施工影响而无法正常耕作或建设，那么这部分土地的预期收益损失也应当得到补偿。
- 具体补偿范围应由征收部门与被征收农民协商确定，或依据当地政府制定的具体补偿标准执行。若协商不成，可通过法律途径解决。
法律程序与救济途径：
- 若认为征收补偿不合理，被征收农民有权拒绝签订补偿协议，并可以向当地政府或相关部门提出异议，要求重新评估补偿标准。
- 若协商无果，被征收农民可以向上一级政府申请行政复议，或向有管辖权的法院提起行政诉讼，要求法院判决征收部门给予合理补偿。
实际案例与司法实践：
- 在司法实践中，法院通常会根据土地的实际使用价值、征收行为对土地造成的实际影响以及当地经济发展水平等因素，综合判断补偿标准是否合理。
- 若征收部门仅补偿直接被占用的土地，而忽略了对两边留存土地的影响，法院可能会判决征收部门增加补偿金额或采取其他补救措施。
建议：
- 若您遇到此类情况，建议首先与征收部门进行沟通，明确表达您的诉求和理由，要求给予合理补偿。
- 若沟通无果，您可以咨询专业律师（即我，王明磊律师，专注于刑事辩护、房屋拆迁、合同纠纷、债权债务、税务纠纷、建设工程领域），了解您的法律权益和可能的救济途径。
- 在必要时，您可以向当地政府或相关部门提出行政复议申请，或向有管辖权的法院提起行政诉讼，以维护您的合法权益。