针对您提出的“自然保护区内持证种树的农地怎么处理”的问题，这确实是一个涉及多方面法律法规和政策规定的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，自然保护区内的土地，尤其是基本农田，其用途是受到严格限制的。根据《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国土地管理法实施条例》以及《基本农田保护条例》等法律法规，基本农田主要用于粮食和棉、油、糖、蔬菜等农产品及饲草饲料生产，严禁非法占用发展林果业或挖塘养鱼。
对于您提到的“持证种树”的情况，我们需要分情况讨论：
如果种树行为发生在基本农田上：
- 即便持有相关证件，这种行为也是违法的，因为基本农田的用途已经明确限定，不允许种植树木。
- 县级以上人民政府自然资源主管部门会责令限期改正，即要求将树木伐移，恢复耕地属性。
- 如果逾期不改正，将会面临按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款。
如果种树行为发生在非基本农田的其他农地上，但位于自然保护区内：
- 这种情况下，除了要考虑土地管理法的相关规定外，还需要考虑《中华人民共和国森林法》中关于自然保护区林木保护的规定。
- 自然保护区的林木，原则上禁止采伐，但因防治林业有害生物、森林防火、维护主要保护对象生存环境、遭受自然灾害等特殊情况必须采伐的，以及实验区的竹林除外。
- 如果您的种树行为并未违反这些特殊规定，且得到了相关部门的许可，那么您的行为可能是合法的。但一旦需要采伐或处理这些树木，就必须严格遵守森林法的相关规定。
关于“持证”的问题：
- 持证并不意味着可以随意改变土地用途或违反相关法律法规。证件的颁发通常基于特定的条件和目的，如果这些条件或目的发生了变化，或者您的行为违反了相关法律法规，那么证件可能会被撤销或无效。
综合建议：
- 如果您在自然保护区内拥有农地并计划种树，务必先咨询当地自然资源主管部门或林业部门，了解相关法律法规和政策规定，确保您的行为合法合规。
- 如果您的农地已经被用于种树，且属于基本农田，建议您尽快与相关部门沟通，了解如何恢复耕地属性并避免可能的法律处罚。
- 在任何情况下，都应严格遵守相关法律法规和政策规定，保护自然资源和生态环境，实现可持续发展。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。