合同签订时未使用合同专用章，合同仍然可能有效，但需结合具体情况判断。以下是详细分析：

1. 合同生效的核心要件
   根据《民法典》第490条，合同自当事人签字或盖章时成立。法律并未强制要求必须使用合同专用章，只要印章能体现当事人真实意思表示（如公章、财务章、部门章等），或当事人通过其他方式（如签字、按手印）确认合同内容，合同即可生效。
   例外：若法律或行政法规明确规定某类合同必须使用特定印章（如建设工程合同需加盖备案章），则未使用可能导致合同无效，但此类情形较少见。

2. 未使用合同专用章的风险

   • 印章效力争议：若使用非合同专用章（如业务章、项目章），对方可能主张印章不代表公司真实意愿，需结合其他证据（如授权文件、交易习惯）证明盖章人权限。
     
   • 内部管理风险：公司可能以“未经授权用章”为由主张合同对公司不生效，但若相对人善意（不知情且无过错），法院可能依据《民法典》第61条、第172条认定合同有效（表见代理或职务行为）。
     
   • 举证责任：若发生纠纷，主张合同有效的一方需证明盖章人具有代理权或公司实际履行了合同（如付款、收货）。

3. 实务建议

   • 优先使用公章或合同专用章：公章效力最高，合同专用章专用于合同签署，可减少争议。
     
   • 完善授权手续：若需使用非专用章，应要求盖章人提供授权委托书或公司决议，明确其权限范围。
     
   • 留存履行证据：合同签订后，通过邮件、发票、送货单等证明双方实际履行，强化合同效力。
     
   • 及时补救：若已使用非专用章，可后续通过补充协议、盖章确认函等方式追认合同效力。

总结：未使用合同专用章不必然导致合同无效，但需结合印章类型、授权情况及履行事实综合判断。为降低风险，建议规范用章流程并留存关键证据。如有具体案例，可进一步提供细节，我会为您分析合同效力及应对策略。