公司同意股东债务抵销，在大多数情况下并不需要经过股东会同意，但具体还需根据债务的性质、公司章程以及相关法律法规的规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、债务抵销的基本原则
债务抵销，是指当事人双方互负债务，各以其债权充抵债务的履行，双方各自的债权和对应债务在对等额内消灭。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债务抵销通常遵循以下原则：
法定抵销：当事人互负债务，该债务的标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销；但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定不得抵销的除外。
约定抵销：当事人互负债务，标的物种类、品质不相同的，经协商一致，也可以抵销。
二、公司同意股东债务抵销的特殊情况
在公司法领域，公司同意股东债务抵销可能涉及以下特殊情况：
公司章程的特别规定：如果公司章程对债务抵销有特别规定，比如要求股东会决议通过等，那么应当遵循公司章程的规定。公司章程是公司的“宪法”，对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
债务性质的特殊性：如果股东债务涉及公司利益、关联交易、利益输送等敏感问题，或者债务抵销可能损害公司其他股东、债权人的利益，那么公司可能需要通过股东会决议等程序来确保决策的公正性和透明度。
法律法规的强制性规定：虽然《中华人民共和国民法典》规定了债务抵销的基本原则，但某些特定行业或领域的法律法规可能对债务抵销有额外的限制或要求。例如，金融行业的债务抵销可能受到更严格的监管。
三、实际操作中的建议
审查公司章程：在决定是否同意股东债务抵销前，公司应首先审查公司章程是否有特别规定，并确保决策过程符合公司章程的要求。
评估债务性质：公司应评估股东债务的性质，判断债务抵销是否可能损害公司或其他股东、债权人的利益。如果存在潜在风险，公司应谨慎考虑并可能要求股东提供额外的担保或保障措施。
遵循法律法规：公司应确保债务抵销的过程符合相关法律法规的规定，特别是涉及特定行业或领域的法律法规。如有需要，公司可以咨询专业律师或法律顾问的意见。
决策程序的透明度：如果债务抵销涉及公司重大利益或敏感问题，公司应考虑通过股东会决议等程序来确保决策的公正性和透明度。这有助于增强公司治理的规范性和可信度。
总结来说，公司同意股东债务抵销并不一定需要经过股东会同意，但具体还需根据债务的性质、公司章程以及相关法律法规的规定来综合判断。在实际操作中，公司应谨慎评估风险并遵循相关法律法规和公司章程的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。