结论概述：客户逾期支付90天，供应商是否可以选择拒单，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据合同的具体条款、双方交易习惯以及相关法律法规来综合判断。以下我将从多个角度进行详细分析。

1. 合同条款的约定

• 核心要点：首先，需要审查合同中关于付款期限、逾期付款的违约责任以及供应商在客户逾期付款时的权利等条款。
• 详细分析：如果合同中明确规定了客户逾期支付超过一定天数（如90天）时，供应商有权解除合同或拒绝继续履行合同（即拒单），那么供应商在客户逾期支付90天后，有权依据合同条款选择拒单。反之，如果合同中没有此类明确约定，供应商则不能直接拒单，而可能需要通过其他法律途径来维护自己的权益。

2. 双方交易习惯

• 核心要点：除了合同条款外，双方在长期交易过程中形成的交易习惯也可能对供应商的选择产生影响。
• 详细分析：如果双方在过去的交易中，对于逾期付款的情况有明确的处理方式，且这种处理方式得到了双方的认可和遵循，那么在客户再次逾期支付时，供应商可以参照过去的交易习惯来处理。然而，需要注意的是，交易习惯不能违反法律法规的强制性规定，也不能损害国家、集体或第三人的利益。

3. 相关法律法规的规定

• 核心要点：在处理此类问题时，还需要考虑相关法律法规的规定。
• 详细分析：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。在客户逾期支付的情况下，供应商有权要求客户支付逾期利息或违约金等。但是，法律法规并没有直接规定供应商在客户逾期支付一定天数后有权拒单。因此，供应商是否可以选择拒单，还需要结合合同条款和双方交易习惯来综合判断。

4. 实际操作建议

• 沟通协商：在客户逾期支付的情况下，供应商首先可以尝试与客户进行沟通协商，了解客户逾期支付的原因，并寻求解决方案。
• 发送催款通知：如果沟通协商无果，供应商可以向客户发送催款通知，要求客户在规定期限内支付款项。
• 考虑法律途径：如果客户仍然拒绝支付或无法联系到客户，供应商可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁等。

总结与提醒：客户逾期支付90天时，供应商是否可以选择拒单并没有一个固定的答案。它取决于合同的具体条款、双方交易习惯以及相关法律法规的规定。因此，在处理此类问题时，供应商需要仔细审查合同条款、了解双方交易习惯，并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到妥善维护。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。