结论：是否会影响你，取决于你是否明知对方非法销售药品、你的行为性质以及具体情节等多个因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、若你明知对方非法销售药品仍代发
- 可能构成共同犯罪：
- 法律解释：根据《中华人民共和国刑法》第二十五条，共同犯罪是指二人以上共同故意犯罪。如果你明知对方在非法销售药品，仍为其代发药品给客户，在主观上具有共同犯罪的故意，客观上实施了帮助行为，那么你可能与对方构成非法销售药品罪的共同犯罪。
- 举例：比如，对方明确告知你其没有药品销售资质，所售药品可能是假药或劣药，但你为了获取利益，仍然按照对方的要求将药品发送给客户，这种情况下你就可能被认定为共同犯罪。
- 可能面临的法律后果：
- 刑事处罚：如果构成共同犯罪，你将根据在共同犯罪中所起的作用大小，承担相应的刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》第一百四十一条（生产、销售假药罪）或第一百四十二条（生产、销售劣药罪）等相关规定，可能会被判处拘役、有期徒刑，并处罚金等刑罚。具体刑期和罚金数额会根据犯罪情节的严重程度来确定，例如销售金额、造成的危害后果等。
二、若你不明知对方非法销售药品
- 一般不构成犯罪：
- 法律解释：如果你在代发药品时，并不知道对方是在非法销售药品，也没有其他证据证明你应当知道这一情况，那么你主观上没有犯罪的故意，一般不构成犯罪。
- 举例：比如，对方以正规药品销售公司的名义与你合作，提供了看似合法的药品销售手续和授权文件，你基于对这些文件的信任而为其代发药品，后来才发现对方实际上是非法销售药品，这种情况下你就不构成犯罪。
- 可能存在的民事责任风险：
- 法律解释：虽然你可能不构成刑事犯罪，但如果因为代发药品的行为给客户造成了损害，例如客户因使用了对方非法销售的药品而遭受了人身伤害或财产损失，客户可能会以你为被告提起民事诉讼，要求你承担相应的民事赔偿责任。不过，在这种情况下，你需要证明自己没有过错，例如你已经尽到了合理的审查义务等，才可能免除或减轻赔偿责任。
- 举例：客户使用了对方通过你代发的假药，导致身体受到严重伤害，客户可能会认为你在代发过程中没有尽到审查药品真伪的义务，从而要求你赔偿医疗费、误工费等损失。
三、建议
- 积极配合调查：如果公安机关已经介入调查，你应该积极配合，如实说明情况，提供相关证据，以证明自己的清白或减轻自己的责任。
- 收集证据：尽量收集能够证明自己不知情的证据，例如与对方的聊天记录、合作协议、对方提供的文件等，这些证据可能对你的案件处理起到关键作用。
- 咨询专业律师：由于刑事案件的复杂性和严重性，建议你尽快咨询专业律师，让律师根据你的具体情况为你提供详细的法律分析和辩护策略。
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