工程挂靠协议书在法律上是无效的。以下是对此问题的详细分析：
违反法律法规强制性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。工程挂靠行为违反了《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招标投标法》以及《建设工程质量管理条例》等法律法规的强制性规定，这些法规明确禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程，也禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。因此，工程挂靠协议书因违反这些强制性规定而无效。
损害社会公共利益：
- 挂靠行为往往导致工程质量难以保证，因为挂靠人可能缺乏必要的技术、人员、设备等条件。这种行为不仅损害了建设单位的利益，还可能对其他利害关系人和社会公众的利益造成损害，如因工程质量问题导致的安全事故等。因此，从维护社会公共利益的角度出发，工程挂靠协议书也应被认定为无效。
司法实践中的认定：
- 在司法实践中，法院通常根据双方当事人的实际履行情况、是否存在资质借用关系等因素来综合判断工程挂靠协议书的效力。如果查明存在挂靠行为，法院将依法认定该协议书无效。此外，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的规定，没有资质的实际施工人借用有资质建筑施工企业名义签订的建设工程施工合同无效，这也直接针对了工程挂靠行为。
法律后果：
- 工程挂靠协议书被认定无效后，双方当事人之间的合同关系即行终止。因协议书无效而给一方当事人造成损失的，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。此外，对于存在挂靠行为的单位和个人，相关行政机关还可以依法给予行政处罚，如罚款、吊销资质证书等。在情节严重的情况下，甚至可能受到刑事处罚。
建议：
- 建筑企业和个人应严格遵守相关法律法规和行业规范，不要签订或参与任何形式的挂靠协议书。
- 如果需要承揽工程，应通过合法途径获取相应的资质和许可，确保自身行为的合法性。
- 在签订工程合同时，应仔细审查对方的资质和信誉情况，避免因对方挂靠行为而给自己带来不必要的法律风险和经济损失。
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