针对公司款项被法人卷跑的情况，合作单位可以采取以下措施来处理：

1. 立即采取法律行动，申请财产保全：

   • 一旦发现公司款项被法人非法转移或卷走，合作单位应迅速行动，向法院申请对公司相关财产进行保全。财产保全是一种法律措施，旨在防止财产被进一步转移或隐匿，确保后续诉讼或执行过程中有可供执行的财产。
   • 申请财产保全时，需要提供充分的证据证明法人存在非法转移财产的行为，以及该行为可能对公司合作单位的权益造成损害。

2. 收集证据，准备诉讼：

   • 合作单位应积极收集与法人非法转移财产相关的所有证据，包括但不限于银行转账记录、合同、邮件、聊天记录等。这些证据将用于后续的法律诉讼，以证明法人的违法行为并追回损失。
   • 在准备诉讼时，合作单位可以咨询专业律师，了解具体的诉讼流程和策略，以及可能面临的法律风险和后果。

3. 考虑刑事报案，追究法人刑事责任：

   • 如果法人的行为涉嫌犯罪，如职务侵占、挪用资金等，合作单位可以向公安机关报案，要求追究法人的刑事责任。刑事报案不仅可以对法人形成法律威慑，还可能通过刑事追赃程序追回部分或全部损失。
   • 在报案时，合作单位需要提供详细的证据材料，以支持其指控。公安机关将根据证据进行调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。

4. 与公司其他股东或管理层协商，寻求内部解决：

   • 在采取法律行动的同时，合作单位也可以尝试与公司其他股东或管理层进行协商，寻求内部解决途径。例如，可以要求公司召开股东会或董事会，讨论并决定如何追回被非法转移的财产，以及如何防止类似事件再次发生。
   • 如果公司内部存在治理结构问题或管理漏洞，合作单位还可以提出改进建议，帮助公司完善内部管理机制，降低未来风险。

5. 关注公司清算或破产程序，参与分配：

   • 如果公司因法人非法转移财产而陷入财务困境，甚至面临清算或破产，合作单位应密切关注相关程序进展，并积极参与财产分配。在清算或破产程序中，合作单位作为债权人，有权按照法定顺序参与财产分配，以追回部分或全部损失。
   • 为了确保自身权益得到充分保障，合作单位可以委托专业律师代表其参与清算或破产程序，提供法律支持和建议。

在处理此类事件时，合作单位还需注意以下几点：

• 保持冷静，避免采取过激行为：在发现公司款项被法人卷跑后，合作单位应保持冷静，避免采取过激行为或发表不当言论，以免对自身权益造成进一步损害。
• 及时咨询专业律师：由于此类事件涉及复杂的法律问题和程序，合作单位应及时咨询专业律师，了解具体的法律策略和应对措施。
• 加强内部管理，防范未来风险：合作单位应借此机会加强内部管理，完善财务和合同管理制度，降低未来类似事件的发生风险。

最后，需要强调的是，每个具体案件的情况都有所不同，因此合作单位在处理此类事件时，应根据自身实际情况和法律规定，制定具体的应对策略和措施。如果有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。