公证书被不动产登记部门扣留，一般情况下并不直接构成法律风险，但具体是否有问题需结合扣留原因及后续处理来判断。以下从不同角度为你详细分析：

一、公证书被扣留的可能原因

1. 材料不全或存在瑕疵：不动产登记部门在审核材料时，如果发现公证书内容不完整、存在错误或与提交的其他材料不一致，可能会暂时扣留公证书，要求补充或更正。

2. 涉及法律纠纷或争议：如果公证书所涉及的房产存在法律纠纷，如继承权争议、共有权争议等，不动产登记部门可能会扣留公证书，等待相关法律纠纷解决后再进行登记。

3. 登记部门内部流程或审核需要：有时，不动产登记部门可能因内部流程或审核需要，暂时扣留公证书进行进一步核实或审查。

二、公证书被扣留可能带来的影响

1. 登记延迟：公证书被扣留最直接的影响是房产登记的延迟。如果公证书是房产过户、继承等登记手续的必要材料，其被扣留将导致登记手续无法按时完成。

2. 法律风险增加：如果公证书被扣留是因为涉及法律纠纷或争议，那么在这期间，房产可能面临被查封、冻结等法律风险，影响房产的正常使用和处置。

3. 额外成本支出：因公证书被扣留而导致的登记延迟，可能产生额外的费用，如滞纳金、律师费等。

三、应对建议

1. 了解扣留原因：首先，应与不动产登记部门沟通，了解公证书被扣留的具体原因。这有助于你针对性地解决问题，如补充材料、更正错误或解决法律纠纷。

2. 积极配合处理：根据扣留原因，积极配合不动产登记部门的要求进行处理。如果是材料不全或存在瑕疵，及时补充或更正；如果是涉及法律纠纷，尽快寻求法律途径解决。

3. 咨询专业律师：如果公证书被扣留涉及复杂的法律问题或纠纷，建议咨询专业律师。律师可以为你提供法律意见，帮助你制定解决方案，并代表你与不动产登记部门沟通。

4. 关注后续进展：在处理公证书被扣留问题的过程中，应密切关注后续进展，确保问题得到及时解决。如果不动产登记部门长时间未给出处理结果或存在不合理扣留的情况，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，公证书被不动产登记部门扣留并不直接构成法律风险，但具体是否有问题需结合扣留原因及后续处理来判断。建议你先了解扣留原因，积极配合处理，并在必要时咨询专业律师。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。