结论：银行收取三天的逾期违约金是否合规，需结合信用卡合同的具体约定、逾期天数以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、信用卡合同约定优先
合同条款：信用卡合同中通常会明确约定还款日、逾期利息及违约金的计算方式。若合同中明确规定“还款日后一定天数内还款仍视为逾期，并需支付相应违约金”，且该条款不违反法律法规的强制性规定，则银行收取违约金的行为具有合同依据。
用户义务：作为信用卡持卡人，您有义务按照合同约定的还款日及时还款。若未按时还款，即构成违约，银行有权依据合同约定收取逾期违约金。
二、逾期天数的计算
一般规则：通常情况下，逾期天数是从还款日次日起开始计算。若您1号为还款日，2号晚上存入款项，则从3号起开始计算逾期天数（假设2号当天不算逾期，具体需看合同约定）。
银行操作：银行在计算逾期天数时，可能会根据内部规定或系统设置进行微调。但无论如何调整，都应遵循公平、合理的原则，并不得违反法律法规的强制性规定。
三天逾期违约金：若银行收取的是从还款日次日起算三天的逾期违约金，且该计算方式符合合同约定，则银行的行为是合规的。但若银行无故多算逾期天数或提高违约金标准，则可能构成违约或违规。
三、相关法律法规
《民法典》：根据《民法典》的相关规定，当事人应当按照约定履行自己的义务。若信用卡合同中明确约定了逾期违约金的计算方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则持卡人应按照约定支付违约金。
监管规定：金融监管部门对信用卡业务有严格的监管要求，包括逾期利息和违约金的收取标准等。银行在收取逾期违约金时，必须遵守相关监管规定，不得擅自提高标准或增加不合理费用。
四、建议与行动
核查合同：建议您首先核查信用卡合同中关于还款日、逾期利息及违约金的约定，确认银行收取三天逾期违约金是否符合合同约定。
与银行沟通：若您认为银行收取的逾期违约金不合理或存在争议，可以与银行进行沟通协商，要求银行提供详细的计算依据和合同条款支持。
寻求法律帮助：若沟通无果或您认为银行的行为存在违规情况，可以向当地金融监管部门投诉或寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供进一步的法律咨询和维权服务。
示例说明：假设您的信用卡合同中明确约定“还款日后三日内还款仍视为逾期，并需按未还款金额的日万分之五支付违约金”，且您1号为还款日，2号晚上存入款项。那么，从3号起至5号（共三天）的逾期违约金是符合合同约定的。但若银行要求您支付超过这三天的违约金或提高违约金标准，则可能构成违规。
最后，信用卡逾期还款不仅会影响个人信用记录，还可能产生额外的费用负担。因此，建议您尽量按时还款，避免不必要的纠纷和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。